基因芯片分析的基础方法.pptxVIP

会计学;离线基础生物信息分析;;内容介绍;;软件功能;原始结果(.CEL文件) 库文件(Library) 注释文件(annotation) 文件路径必须为英文;;;;;;分析方法比较;;质控图;;;;;;纵轴M = log(Signal array1) - log(Signal array2) 横轴 A = (averagelog(Signal));;;质控图——芯片间相关性图（Spearman）;差异基因分析; 所有生物信息分析中最关键的第一步分析； 主要领域 基因表达谱芯片 microRNA芯片 凡是对每个基因或探针可以进行定量检测的;小样本状况下的差异基因筛选需要特殊的处理 Unfortunately expense and limited specimen availability often lead to studies with small sample sizes.This makes accurate estimation of variability difficult, since variance estimates made on a gene by gene basis will have few degrees of freedom, and the assumption that all genes share equal variance is unlikely to be true. -George W 2003;两分类实验 实验组vs对照组 多分类实验 时间序列实验 多类型样本 多因素实验 ;差异基因筛选;分子标志物筛选;Marker分析的原则;分子标志物诊断系统开发?;mRNA分子标志物诊断效率;分子标志物与差异基因的区别;上海其明信息技术有限公司 Genminix Informatics Ltd.,Co;聚类分析; 两维层次聚类 对样本和基因同时聚类 体现样本的相似程度 体现基因相似程度 样本间聚类 使用感兴趣的基因对样本进行聚类 在样本分类情况未知时，发现样本分类 基因间聚类 已知样本分类情况，样本按照分组情况排列； 对基因进行聚类，观察基因的共表达情况 ; 展示目的 (“伪”无监督聚类) 直观展示基因表达差异 一般样本分类已经确定 使用差异基因进行聚类 其实无分析价值，只有展示价值 验证目的 通过差异基因或全基因，看样本分组是否与实验设计符合 发现新的样本分类方法，发现诊断标志物 真正的无监督聚类，不知道样本分类，使用特定基因对样本进行分类 不能是差异基因 有发现新诊断标志物的价值;;生物网络分析;适用数据 差异基因 差异蛋白 miR靶基因 拷贝数变异片段所含基因 相互作用关系数据库 KEGG Reactome Biogrid HPRD BIND;蛋白质相互作用关系 激活、抑制 磷酸化、去磷酸化 结合、解离 泛素化 糖基化 甲基化 代谢通路的上下游关?? 基因表达调控关系 表达激活 表达抑制 ;;;共表达网络(Dynamic-GeneNet/GenRelNet);;;李奇 上海其明信息技术有限公司 Affymetrix 中国授权服务中心 电话Email: liqi@;;;纵轴M = log(Signal array1) - log(Signal array2) 横轴 A = (averagelog(Signal));质控图——芯片间相关性图（Spearman）;质控图——芯片间相关性图（Spearman）;分子标志物诊断系统开发?;生物网络分析;