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- 2021-09-23 发布于天津
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基因家族分析套路(一)
近年来,测序价格的下降,导致越来越多的基因组完成了测序,在数据库中 形成了大量的可用资源。如何利用这些资源呢?今天小编带你认识一下不测序也 能发文章的思路一全基因组基因家族成员鉴定与分析(现在这一领域可是很热 奧);
—、基本分析容
■数据库检索与成员鉴定
■进化树构建
保守domain和motif分析.
■基因结构分析.
■转录组或荧光定量表达分析.
二、数据库检索与成员鉴定
1、数据库检索
1) 首先了解数据库用法,学会下载你要分析物种的基因组相关数据。一般也就 是下面这些数据库了
Brachypodiumdb:. brachypodium. org/
TAIR:. arabidopsis. org/
Rice Genome Annotation Project : rice, plantbiology, msu. edu/.
Phytozome:. phytozome. net/
Ensemble:ensembl. gramene. org/genome browser/index. html
NCBI 基因组数据库:.ncbi. nlm. nih. gov/assembly/?temi二
2) 已鉴定的家族成员获取。
如何获得其他物种已发表某个基因家族的所有成员呢,最简单的就是 下载该物种蛋白序列文件(可以从上述数据库中下载),然后按照文章中的ID,
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