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基因预测的概念及意义 原核基因识别 真核基因预测的困难性 真核基因预测的依据 真核基因预测的基本步骤及策略 真核基因预测方法及其基本原理 2、基因预测 第九十四页，编辑于星期五：十三点 二十八分。 Human Fugu worm E.coli Why is Gene Prediction Challenging? Coding density: as the coding/non-coding length ratio decreases, exon prediction becomes more complex. Some facts about human genome Coding regions comprise less than 3% of the genome There is a gene of 2400000 bps, only 14000 bps are CDS ( 1%) 2.3 真核基因预测的困难性 第九十五页，编辑于星期五：十三点 二十八分。 worm E.coli Splicing of genes: finding multiple (short) exons is harder than finding a single (long) exon. Some facts about human genome Average of 5-6 exons/gene Average exon length: ~200 bp Average intron length: ~2000 bp ~8% genes have a single exon Some exons can be as small as 3 bp. Alternate splicing are very difficult to predict（next） 真核基因预测的困难性 第九十六页，编辑于星期五：十三点 二十八分。 真核基因预测的困难性 第九十七页，编辑于星期五：十三点 二十八分。 基因预测的概念及意义 原核基因识别 真核基因预测的困难性 真核基因预测的依据 真核基因预测的基本步骤及策略 真核基因预测方法及其基本原理 2、基因预测 第九十八页，编辑于星期五：十三点 二十八分。 真核基因预测的依据 功能位点 Splicing site signals 剪切供体位点和受体位点（Donor/Acceptor）：the splice junctions of introns and exons follow the GT–AG rule in which an intron at the 5 splice junction has a consensus motif of GTAAGT （Donor）; and at the 3 splice junction is a consensus motif of (Py)12NCAG (Acceptor) 第九十九页，编辑于星期五：十三点 二十八分。 Nucleotide Distribution Probabilities around Donor Sites Position p(A) p(C) p(G) p(T) -3 0.333 0.353 0.193 0.12 -2 0.581 0.144 0.132 0.143 -1 0.0969 0.0355 0.779 0.0883 0 0.00048 0.00048 0.999 0.00048 1 0.00048 0.00048 0.00048 0.999 2 0.493 0.0278 0.455 0.0235 3 0.723 0.0753 0.118 0.0835 4 0.0595 0.0513 0.841 0.048 5 0.151 0.167 0.21 0.472 真核基因预测的依据 第一百页，编辑于星期五：十三点 二十八分。 Nucleotide Distribution Probabilities around non Donor Sites Position p(A) p(C) p(G) p(T) -3 0.262 0.231 0.236 0.272 -2 0.262 0.231 0.235 0.272 -1 0.262 0.231 0.236 0.272 0 0.262 0.231 0.235 0.272 1 0.262 0.231 0.236 0.272 2 0.262 0.231 0.235 0.272 3 0.262 0.231 0.236 0.272 4 0.262 0.231 0.235 0.272 5 0.262 0.231 0.236 0.272 真核基因预测的依据 第
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