- 6
- 0
- 约2.88千字
- 约 32页
- 2021-09-27 发布于河北
- 举报
;R语言简介来源;R语言简介R软件下载及安装;R语言简介控制台界面;R语言基本操作R数据类型;R语言基本操作基本运算符;R语言基本操作向量创建;R语言基本操作矩阵创建;R语言基本操作数据框创建;R语言基本操作列表创建;R语言基本操作数据类型判断及转换;R语言基本操作特殊数据类型;R语言基本操作R帮助函数;R语言基本操作管理工作空间;R语言基本操作文本输出;导出对象var到test.txt文件
write.table(var, file = “test.txt”, row.names = FALSE, sep = “\t”, quote = FALSE)
读入txt文件
read.table(file, header = FALSE, sep = “\t”) #
对于Excel文件,可以先转换为csv文件,再读入
read.csv(), write.csv()
;R语言统计分析基本统计;R语言统计分析部分统计函数;R语言绘图基本绘图函数;R语言绘图基本绘图函数及参数;R语言包的安装及使用CRAN;R语言包的安装及使用Bioconductor;R语言基本操作参考书籍;R语言基本操作练习;R语言在转录组分析中的应用;R语言与转录组数据导入和查看;过滤未注释基因(grep())
countMatrix_filter - countMatrix[- grep(MSTRG, rownames(countMatrix)), ]
head(countMatrix_filter)
C1 C2 C3 T1 T2 T3
LOC102181384 6 1 9 8 4 6
LOC102179991 0 0 0 0 0 0
LOC102179993 289 150 295 0 75 64
LOC102179999 663 349 520 205 203 187
LOC108634036 2 4 0 13 4 2
LOC108634035 138 48 181 136 120 91
;导入差异表达分析结果diff_exp_results.csv并查看
res - read.csv(diff_exp_results.csv, row.names = X)
head(res)
baseMean log2FoldChange lfcSE stat pvalue padj
LOC102181384 5.708624 0.1981462 0.5449477 0.3636059 7.161523e-01 0.958971010
LOC102179993 136.705319 -0.7142030 0.5283680 -1.3517152 1.764664e-01 0.694642950
LOC102179999 331.191246 -0.9296149 0.3123082 -2.9765944 2.914693e-03 0.096923705
LOC108634036 3.988827 0.6837456 0.5247847 1.3029069 1.926066e-01 0.710774645
LOC108634035 118.783445 0.1286635 0.4753086 0.2706946 7.866259e-01 0.972333567
LOC108634034 59.606283 -1.5067266 0.3591658 -4.1950724 2.727845e-05 0.003280661;以fold change大于2倍,校正后p值小于0.05为筛选条件(subset())
res_significant - subset(res_order, abs(log2FoldChange) = 1 padj = 0.05)
nrow(res_significant)
[1] 281
nrow(res_order)
[1] 19947
统计上调和下调基因数(sum())
sum(res_significant$log2FoldChange 0)
[1] 159
sum(res_significant$log2FoldChange 0)
[1] 122;
选取显著差异的基因,在countMatrix表中找出这些基因的count值
genes_significant - rownames(res_significant)
c
您可能关注的文档
最近下载
- 智慧物流与供应链管理-刘伟华-第7章.pptx VIP
- 2026中国贸促会直属单位招聘工作人员10人备考题库附答案详解(实用).docx VIP
- 公路路基路面养护培训ppt课件.pdf VIP
- 办公文秘面试常见问题.pdf VIP
- 第三章第二节分子晶体与共价晶体第二课时.pptx VIP
- AI Edge需求、愿景与潜在关键技术白皮书-2026.pdf VIP
- 中职学校资产管理存在的问题及对策建议思考.docx VIP
- 智慧物流与供应链管理-刘伟华-第12章.pptx VIP
- 一种超亲水不锈钢填料改性方法.pdf VIP
- 2025年高考政治课本知识背诵默写清单:逻辑与思维(背诵版).pdf VIP
原创力文档

文档评论(0)