RDP4软件分析指南.pptVIP

重组检测软件RDP4的应用;Introduction;3;;5;6;;;左击序列中的部位可以显示不同颜色代表的含义;;现以下情况，该界面还会出现warning标示（红色）： （1）在比对序列中只有一个可能为父母代毒株的序列 （2）有可能(约30%或更大的可能)误认为重组序列(即实际上父母代的序列中的某个才是真正的重组毒株)如果是这样会在后面显示出实际上可能为重组毒株的父母代毒株的名字。 （3）无法识别出一个或全部两个突变位点。 （4）一个或两个突变位点是错位的。 （5）重组信号微弱 （6）如果复合信号可能是一个分析错误的人工制品。;“confirmation table”部分表明了用不同方法检测出发生该重组事件的毒株数和关于目前检测到的重组事件的符合程度 Confirmation table 下面是一个总结性的柱状图，对于99%的用户来说前三条柱状图代表的是有用的信息。柱状图下面的分数大于60%代表这该毒株几乎确定为重组毒株。大于40%小于60%的分数代表软件可能犯了错误，但也可能没有。小于40%表示该毒株很可能不是重组毒株。;The schematic sequence display;主要亲本与重组 序列的同源性;15;16;;18;点击右上角的“cycle through trees”按钮即可以用该序列的不同部分进行做树分析。包括：（1）根据重组序列的不同部分分别作树 （2）只有已确认的重组区域做树（即用minor parent 部分） （3）只用已确认的非重组区域做树（即major parent部分） （4）忽略重组的所有区域做树。 ;你还可以选择不同方法做树，包括： neighbour joining, least squares, maximum likelihood, and Bayesian trees. “Mark [sequence name] as also having evidence of this event” 和“Mark [sequence name] as not having evidence of this event.”选项可以使你在树上手动修改你认为RDP所犯的错误. “Go to [sequence name]”选项可以指引你在schematic sequence display板块看到这个序列。 ”Recheck plot with [sequence name] as recombinant/minor parent/major parent”选项可以使你看到如果你替换了其中一个序列后，进化树会有什么变化。 ;RDP4只是一种检测手段，也会出现很多的错误，不能完全依赖RDP4来判断重组。本人翻译及理解水平有限，希望大家予以谅解！感谢大家的聆听，希望大家提出宝贵意见！谢谢~