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生物信息学实验指导 生物信息学实验指导 广东药学院 生命科学与生物制药学院 二○一一年三月 第 1 页 目 录 实验1. 生物信息学数据库与软件搜索……………………………1 实验2. 核酸序列的检索……………………………………………2 实验3. 核酸序列分析………………………………………………3 实验4. 多重序列比对及系统发生树的构建………………………5 实验5. PCR 引物设计及评价………………………………………7 实验6. 蛋白质序列分析和结构预测………………………………9 第 2 页 实验一生物信息学数据库和软件的搜索 【实验目的】 熟练掌握上网搜索生物信息学数据库和软件的方法及技能。 【实验内容】 1、搜索生物信息学数据库或者软件 数据库是生物信息学的主要内容，各种数据库几乎覆盖了生命科学的各个领域。 核酸序列数据库有GenBank, EMBL, DDB等， 蛋白质序列数据库有SWISS-PROT, PIR, OWL, NRL3D, TrEMBL等， 蛋白质片段数据库有PROSITE, BLOCKS, PRINTS等， 三维结构数据库有PDB, NDB, BioMagResBank, CCSD等， 与蛋白质结构有关的数据库还有SCOP, CATH, FSSP, 3D-ALI, DSSP等， 与基因组有关的数据库还有ESTdb, OMIM, GDB, GSDB等， 文献数据库有Medline, Uncover等。 另外一些公司还开发了商业数据库,如MDL等。 生物信息学数据库覆盖面广，分布分散且格式不统一, 因此一些生物计算中心将多个数据库整合在一起提供综合服务，如EBI的SRS(Sequence Retrieval System)包含了核酸序列库、蛋白质序列库，三维结构库等30多个数据库及CLUSTALW、PROSITESEARCH等强有力的搜索工具，用户可以进行多个数据库的多种查询。 2、搜索生物信息学软件 生物信息学软件的主要功能有：分析和处理实验数据和公共数据，加快研究进度，缩短科研时间；提示、指导、替代实验操作，利用对实验数据的分析所得的结论设计下一阶段的实验；寻找、预测新基因及预测其结构、功能；蛋白高级结构预测。如：核酸序列分析软件BioEdit、DNAClub等；序列相似性搜索BLAST；多重系列比对软件Clustalx；系统进化树的构建软件Phylip、MEGA等；PCR 引物设计软件Primer premier6.0、oligo6.0等；蛋白质二级、三级结构预测及三维分子浏览工具等等。 【作业】 1、搜索生物信息学数据库或者软件。搜索出的数据库包括网址、该数据库的介绍、数据库网页截屏。如果搜索的是软件则包括该软件的用途、使用方法、软件图标。（以上搜索的数据库或软件至少完成8个以上） 2、对生物信息学这门课的建议或感想。 注：实验报告要求以电子版的形式完成以上作业，注明专业、学号、姓名后发送到邮箱。 第 3 页 实验二 核酸序列的检索 【实验目的】 1、掌握核酸序列检索的操作方法； 2、熟悉GenBank数据库序列格式及其主要字段的含义； 3、了解EMBL数据库序列格式及其主要字段的含义； 4、熟悉GenBank数据库序列格式的FASTA序列格式显示与保存； 【实验内容】 1、使用Entrez信息查询系统检索核酸序列BC060830和NM_000230，连接提取该序列内容，阅读序列格式的解释，理解其含义； 2、GenBank数据库序列格式的FASTA序列格式显示与保存； 3、使用SRS信息查询系统检索核酸序列BC060830，连接提取该序列内容，阅读序列格式的解释，理解其含义； 【作业】 1、在GenBank数据库中查询核酸序列NM_000230、下载（以两种格式保存： GenBank与Fasta）、写出GenBank格式主要字段含义。 2、在EMBL数据库中查询核酸序列BC060830、下载（以两种格式保存：complete entries与Fasta）、写出complete entries格式主要字段含义。 第 4 页 实验三 核酸序列分析 【实验目的】 1、掌握已知或未知序列接受号的核酸序列检索的基本步骤； 2、掌握使用BioEdit软件进行核酸序列的基本分析；