Chem3D常用功能使用教程.ppt

Chem3D介绍;Chem3D起始界面;主界面;工具栏;选择;显示设置;视频设置;显示设置属性;带状模型; 结构不同显示方式;带状模型常用于生物分子;代表用红蓝两种色彩的立体显示;13;选择【单键】工具，在模型窗口向右按动;线状模型;棒状模型;球棍模型;比例模型;选择【轨迹球】工具，使分子模型 在模型窗口沿X、Y轴旋转 ;选择【轨迹球】工具并按“Alt”键， 使分子模型在模型窗口沿Z轴旋转 ;模型结构信息 ;工具栏显示原子的符号和标号;光标位于键上， 自动显示键信息;模型的进一步信息 ;模型的键长数据 ;模型???键长和键角数据 ;乙烯模型中的双键信息 ;键级改动 ;显示氢及孤对电子 ;不显示氢及孤对电子的环己烷;选择工具，双击原子，按顺序改变原子序号;隐藏或显示其它原子;利用【键】工具建立的结构，键角及键长可能不正常，应【整理结构】;环己烷的椅式构象;使用【文本】工具输入结构式;按【Enter】自动转化为模型;括号表示支链;38;整理结构;简单优化 观察分子变化;4-甲基-2-戊醇模型;建立1，2-双甲基环戊烷模型;43;整理结构;建立Ibuprofen(布洛芬)模型;46;建立十肽菌素模型;48;建立十二丙氨酸醇分子模型;50;改变显示方式;设为线状模型;53;设为带状模型;a-螺旋模型;使用子结构建立模型;子结构模型库;选择所需的子结构，然后复制;粘贴复制结果;在子结构上进行编辑;;;ChemDraw中 画出的分子结构;Chem3D中 画出的分子模型;（1）查找原子的范德瓦尔斯半径 【View】【Atom Types.TBL】窗口，找到各种元素在不同环境的半径;;;（2）观察分子的大小 建立苯模型。执行【View】【Connolly Molecular】弹出Suface对话框；【solid】选项可以选择分子表面的类型；【Resolution】滑动到右边，其值为100 ;;;;;View/Solvent Accessible 菜单 甲苯结构 ;（3）计算分子体积 建立苯模型。执行【Analyze】【Compute Properties】在【Available Properties】选框中双击【Connolly Solvent-Excluded Volume SVE-ChemPropStd】选项，使之加入到【Selected Properties】框中。单击ok， ;;;;;;(4) 检查结构能量;模型旋转;总能量计算;空间位阻能：0.977kcal/mol;模型的二面角数据;数据与模型对应;显示原子符号及序号;按动旋转;(5) 分子轨道(HOMO及LUMO);显示轨道时必须选择;选择分子轨道;选择HOMO轨道;乙烯分子的HOMO轨道;选择LUMO轨道;乙烯分子的LUMO轨道;;;;;;;;其他计算;模型的输入和输出：以NaCl晶体为例： 【File】【Template】选择【NaCl Crystal.C3T】选择以【Space filling】显示模型。可保存多种格式，默认格式.c3t。可存为jpg等。 还有动画显示功能，可让其绕x轴、y轴、z轴转动，这样可以从不同角度显示结构，更具立体感。【Analyze】【Spin About Y Axis】，可通过左下角调整框放大、缩小、播放、暂停、录制等，还可存成 Windows AVI Movie（*.avi）格式。;;;106