MRI数据预处理流程.docVIP

数据处理基本流程 由于MRI是断层扫描，耗费时间较长，患者在进行MRI扫描的时候不可避免的会头部挪动，导致照射出来的图像不能一一映射；不同人的头颅，脑部大小，形状都会有所差异，获得的MRI图像也千差万别，无法对其进行对比。所以我们就必须用一种算法将所有的MRI图像进行空间转换到一个比较标准的空间（目前使用较多的是被神经学家广泛认可的Talairach坐标系）将各个解剖结构一一对应后，再与标准化图谱或者不同个体之间相互比较（目前使用的是Talairach-Tournoux图谱） 本文使用的是SPM软件和MRIcro软件处理图像数据，将MRI图像进 行数据分析。 数据分析的基本流程： 数据预处理： EQ \o\ac(○,1)图像格式转换 EQ \o\ac(○,2)slice timing获取时间校正 EQ \o\ac(○,3)realign头动校正 EQ \o\ac(○,4)Coregister不同成像方法间的图像融合 EQ \o\ac(○,5)nomalize 不同被试之间的图像标准化(归一化） EQ \o\ac(○,6)smooth空间平滑《2 3 4统称图像的空间变换》 模型构建与参数估计： EQ \o\ac(○,:1)建立统计模型 EQ \o\ac(○,2)将数据应用于统计模型 EQ \o\ac(○,3)进行参数统计得到单个被试的结果，多个被试的组分析 数据预处理 SPM是一款以MATLAB为平台的软件，所以使用SPM前一定要安装MATLAB。打开MATLAB软件，界面如下： 图像格式转换。 在进行数据预处理第一步要先将图像格式转换成SPM可以识别的ANALYZE格式。转换之前先将原始数据放在MATLAB下面的mri image文件夹下，将路径设置成D：\MATLAB\work\mri image\ 设置过程如下： 点击红色方块所指的按钮，在弹出的窗口中选择工作路径，按确定按钮即可。 设置完工作路径后，利用如下方法，将SPM2及其所有子文件夹添加到MATLAB的搜索途径中（1.点击file按钮，在下拉菜单选择set path2.在弹出的路径设置窗口点击Add Folder浏览并选择目标文件夹，eg:D:\spm2\3.点击save按钮4.点击close按钮,完成添加） 在打开SPM之前，应先确定默认变量的设置是否准确，具体做法如下：1.在matlab命令窗口输入“edit spm_defaults打开spm_defaults.m文件2.查看defaults.analyze.flip条目，确认defaults.analyze.fip值是否为1，若不是，改成1 打开SPM：在matlab命令窗口输入“spm回车后出现下面窗口，按黄色长方形覆盖的按钮，方可打开SPM软件（或者直接输入spm fmri即可打开） 左上角的窗口代表按钮窗口，用以对数据进行处理分析；左下方的窗口为输入窗口，右边的窗口为图形窗口，用以显示图像结果 图像格式转换：1.点选按钮窗口中Tool boxes菜单中的 Dicom选项2.在弹出对话框中选择所有*IMA文件，点done 3.转换完毕，删除原文件夹下的*IMA数据 4.结果将在该文件夹下生成三个*.img/hdr/mat 文件5.结束 图像格式转换方法二：用MRIcro软件进行格式转换（1）单击convert foreign to analyze(2)出现第二个窗口，将左边的数据填完后，单击箭头所指“选择” 选择所要转换的文件夹后，单击确定即可生成两个文件*i.img/hdr 。（如被试者有n次试验，则需要建立n个文件夹，分别转换图像格式） 头动校正：意义：realignment of functional time-series. EQ \o\ac(○,1)点击按钮窗口中的Realign下拉菜单中的Realign按钮（将同一被试者不同采样时间点上的3D脑图像对齐 EQ \o\ac(○,2)number subjects[要处理的被试个数eg:1] EQ \o\ac(○,3)number sessions,subj1[第一个被试者的试验次数eg:1] EQ \o\ac(○,4)images,subj1,sess 1[选择文件夹中所有i.img文件],点done EQ \o\ac(○,5)which option?[coregisterreslice] EQ \o\ac(○,6)create what?【*All images+mean image] 结果SPM 将更新i.mat 文件，并文件夹中生成一个头动参数文件（rp_i.txt ），还在文件夹中生成meani.img/hdr/mat 文件跟ri.img/hdr/mat文件。(如果第一