生物大分子模拟要点.pdfVIP

第一 1、 computational biology 计算机生物学是利用计算的方法对复杂生命现象和过程进行研究和预测的科学。 它是理论与 数据分析、 数学建模和计算机模拟在生物学、 行为学、社会群体系统中的应用与研究。 它是 数学、生物、 物理、化学和计算机科学等高度交叉的学科， 并与人类的生活与健康紧密结合。 2、 the four choices， define a model for a computer simulation 自由度、力场、外部环境、运动方程 第二 分子模型的代表 ：量子力学、量子 / 分子力学、分子力学、联合原子模型、粗粒化模型 分子力学 ，又叫力场方法（ force field method ），是基于经典牛顿力学方程的一种计算分 子的平衡结构和能量的方法。与量子力学不同，它求解的是 Newton 方程，而不是薛定谔方 程。 （用量子力学处理分子，计算量特别大，因此量子力学方法适用于处理小分子体系。分 子力学计算量较小，更适合于大分子体系，可考虑额外效应） 简单分子力场：分子力场是分子力学的核心；简单作用模型；力场的可移植性 成键 / 非键相互作用： 键长、键角、二面角、范德华作用、静电作用、交叉相互作用（ 五种 类型，老师说一定会考） 3、 Potential energy functions 由于分子力学是经验的计算方法，不同的分子力学方法会采用不同的势能函数（ Potential Energy Function ， PEF）表达式，而且力场参数值也会不同。一般将分子的 PEF 分解成五 部分： 4、 polarizability effect 将电介质放入电场， 表面出现电荷。 这种在外电场作用下电介质表面出现电荷的现象叫做电 介质的极化。带电的配基会是蛋白质部分受到极化。 5、 force field ，two most popular force field 分子力场并不计算电子相互作用， 它是对分子结构的一种简化模型。 一个分子的能量可以近 似看作构成分子的各个原子的空间坐标的函数， 简单地讲就是分子的能量随分子构型的变化 而变化，而描述这种分子能量和分子结构之间关系的就是分子力场函数。 传统力场、第二代力场、通用力场 比较不同程序计算得到的能量值无意义 AMBER 力场：由 Kollman 课题组开发的力场，是目前使用比较广泛的一种力场，适合处理 生物大分子。 AMBER 力场的势能函数形势较为简单，所需参数不多，计算量也比较小，这 是这个力场的一大特色， 但也在一定程度上限制了这个力场的扩展性。 本力场用谐振子模型 计 算 键 长 伸 缩 能 和 键 角 弯 转 能 ， 用 傅 立 叶 级 数 的 形 式 来 描 述 二 面 角 扭 转 能 ， 选 用 Lennard-Jones 势来模拟范德华力；用库仑公式来描述静电相互作用。 CHARMM 力场：由 Karplus 课题组开发，对小分子体系到溶剂化的大分子体系都有很好的 拟合。 第三 6、 local minimum 能量优化， 寻找研究体系能量极小的状态， 从数学角度看是处理多维函数的优化问题。 优化 的方法， 降低体系能量到最靠近的一个最小。 窄而深的最小值的统计学大小可能比高能下宽 的最小值要少。 7、 global minimum 全局优化研究的是多变量非线性函数在某个约束区域上的全局最优解的特性和构造寻求全 局最优解的计算方法。 由于很可能在一个全局优化问题里存在多个局部最优解， 且它们不同 于问题的全局最优解，因此人们无法借助于经典的局部优化方法求解这些问题。 8、 steepest descents 最速下降法又称为梯度