一种基于Cycle-GAN的蛋白质结构预测方法及装置发明专利.pdfVIP

(19)中华人民共和国国家知识产权局 (12)发明专利申请 (10)申请公布号 CN 112309497 A (43)申请公布日 2021.02.02 (21)申请号 202011579598.6 (22)申请日 2020.12.28 (71)申请人 武汉金开瑞生物工程有限公司 地址 430000 湖北省武汉市东湖开发区高 新大道666号武汉国家生物产业基地 项目B、C、D区研发楼B1楼 (72)发明人 华权高　赵海义　舒芹　 (74)专利代理机构 武汉蓝宝石专利代理事务所 (特殊普通合伙) 42242 代理人 刘璐 (51)Int.Cl. G16B 20/00 (2019.01) G16B 40/00 (2019.01) G06N 3/04 (2006.01) G06N 3/08 (2006.01) 权利要求书3页 说明书7页 附图5页 (54)发明名称 一种基于Cycle-GAN的蛋白质结构预测方法 及装置 (57)摘要 本发明涉及基于Cycle‑GAN的蛋白质结构预 测方法及装置，其方法包括：获取多个蛋白质的X 射线晶体衍射图像、核磁共振图像和冷冻电镜图 像，记X射线晶体衍射图像为第一图像、核磁共振 图像为第二图像；根据第一图像、第二图像、核磁 共振图像构建模型数据集；利用所述模型数据集 对Cycle‑GAN进行训练直至其损失函数值低于阈 值停止训练；将待预测蛋白质结构的第一图像或 第二图像输入到所述训练完成的Cycle‑GAN，得 到待预测蛋白质的三维图像。本发明利用Cycle‑ GAN对晶体衍射图像、核磁共振图像与冷冻电镜 A 图像重建融合，得到冷冻电镜图像，在提高了分 7 辨率的同时，降低了预测蛋白质高分辨率结构的 9 4 9 成本。 0 3 2 1 1 N C CN 112309497 A 权　利　要　求　书 1/3页 1.一种基于Cycle-GAN的蛋白质结构预测方法，其特征在于，包括如下步骤： 获取多个蛋白质的X射线晶体衍射图像、核磁共振图像和冷冻电镜图像，记X射线晶体 衍射图像为第一图像、核磁共振图像为第二图像； 将所述冷冻电镜图像进行有监督数据增强，所述有监督数据增强包括单样本增强、多 样本增强； 将与冷冻电镜图像属于相同蛋白质的第一图像或第二图像作为正样本，剩下的第一图 像或第二图像作为负样本；将正样本对应的冷冻电镜图像作为目标标签；根据正样本、负样 本和目标标签构建模型数据集； 将所述模型数据集划分为训练集、验证集和测试集，利用所述模型数据集对Cycle-GAN 进行训练直至其损失函数值低于阈值且不再变化，停止训练，得到训练完成的Cycle-GAN； 将待预测蛋白质结构的第一图像或第二图像输入到所述训练完成的Cycle-GAN，得到 对应的冷冻电镜图像；将所述对应的冷冻电镜图像进行滤波去噪、融合和三维重构，得到待 预测蛋白质的三维图像。 2.根据权利要求1所述的基于Cycle-GAN的蛋白质结构预测方法，其特征在于，所述将 所述冷冻电镜图像进行有监督数据增强包括如下步骤： 若蛋白质对应的冷冻电镜图像数量为1，则对所述冷冻电镜图像进行单样本增强；所述 单样本增强包括几何变换、颜色变换； 若蛋白质对应的冷冻电镜图像数量大于1，则对所述冷冻电镜图像进行多样本增强。 3.根据权利要求2所述的基于Cycle-GAN的蛋白质结构预测方法，其特征在于，所述几 何变换至少包括对图像的翻转、旋转、剪裁、变形、缩放中的一种；所述颜色变换至少包括对 图像的内容进行模糊、擦除、填充、噪声叠加、颜色更换中的一种。 4.根