分子微生物学实验借鉴.pdfVIP

2.2 分子微生物学方法 2.2.1 主要试剂 用于 PCR 扩增的全套试剂、 IPTG、Agarose 和 X-gal ( 日本 TakaRa 公司 ); 蛋白胨、酵母粉 (Difico 公司产品 )； 柱离心式小量细菌基因组 DNA 抽提试剂盒 (上海华舜公司 ) ； DNA 纯化通用试剂盒 (鹭隆生物有限公司 )； 其它试剂为国产分析纯 (上海生工 )。 2.2.2 PCR 引物 [65] Eubae 34Lf 5 ′- TACGGGAGGCAGCAG-3 ′ [65] Eubae 517R 5 ′-ATTACCGCGGCTGCTGG-3 ′ [65] Eubae 34lF-GC 5 ′-CGCCCGCCGCGCGCGGCGGGCGGGGCG GGGGCACGGGGGGCCTACGGGAGGCAGCAG-3 ′ RV-M 5 ′-GAGCGGATAACAATTTCACACAGG-3 ′ M13-47 5 ′-CGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGAC-3 ′ 引物由日本 TakaRa公司合成。 2.2.3 主要培养基 1) LB 培养基： NaCl10 g，胰蛋白胨 (Tryptone)10 g，酵母提取物 (Yeast Extract)5 g， 琼脂粉 10 g(固体培养基 )，pH 为 7.0~7.2，去离子水定容到 1 L。 2) LB-Amp 培养基： -1 LB 培养基灭菌后，冷却到 50 ℃，加入氨苄青霉素至终浓度为 100 μgmL· 。 2.2.4 菌株与质粒 感受态细胞 Ecoli DH5 α( 日本 TaKaRa 公司) 测序载体 pMD19-T( 日本 TaKaRa 公司 ) 2.2.5 分析软件 DNAMAN 6.0 同源性比较，格式转化，寻找阅读框等 DNAstar DNA5.1 序列分析处理，氨基酸序列的解析等 Mega 4.0 16S rRNA 基因系统发育分析 Quantity One4.6.2DGGE 图像处理与图谱分析 Biodap 数据统计及相关性分析 2.2.6 主要仪器 实验所用的设备和仪器如表 2.3 所列： 表 2.3 实验主要仪器和设备 Tabel2.3The main equipments and machines 序号 仪器 型号 生产公司 1 恒温振荡器 SHZ-82 常州国华电器有限公司 2 数显恒温水浴锅 HH-2 常州国华电器有限公司 3 洁净工作台 SDJ-ZS 上海淀山湖净化设备厂 4 柜式恒温冷冻摇床 HQL300 中国科学院武汉科学仪器厂 5 生化培养箱 DYX-250S-C 科力仪器 6 生化培养箱 LRH-250A 广东省医疗器械厂 7 冷冻离心机 universal 32R Hettichzentrifugen ，Germany 8 微型旋涡混合仪 WH-1 上海泸西分析仪器厂 9 PCR 仪 T-Gradient Biomet