第八章基因芯片分析.pptxVIP

生物信息学;本章内容提要;基因芯片;基因芯片的密度：100-1 million DNA 探针/1cm2;基因表达情况的定量测定;基因芯片技术的类型;两类主流的DNA芯片;(1) cDNA microarrays;Robot spotter;差异表达基因的筛选;;1、我的经营理论是要让每个人都能感觉到自己的贡献，这种贡献看得见，摸得着，还能数得清。 2、你一生中卖的唯一产品就是你自己 3、 决定经济向前发展的并不是财富500强，他们只决定媒体、报纸、电视的头条，真正在GDP中占百分比最大的还是那些名不见经传的创新的中小企业；真正推动社会进步的也不是少数几个明星式的CEO，而是更多默默工作着的人，这些人也同样是名不见经传，甚至文化程度教育背景都不高，这些人中，有经理人、企业家，还有创业者。 4、在购买时，你可以用任何语言；但在销售时，你必须使用购买者的语言。 5、“时用则知物”，即从预测市场对商品需要的信息，预测市场商 品经营的情况。03 十二月 202110:29:33 上午10:29:3312月-21 6、在所有组织中，90%左右的问题是共同的，不同的只有10%。只有这10%需要适应这个组织特定的使命、特定的文化和特定语言。十二月 2110:29 上午12月-2110:29December 3, 2021 7、讲智谋，讲果断。以“智、 勇、仁、强”为经商要领，否则，“其智不足与权变，勇不足以决断，仁不能以取予，强不能有所守，虽欲学吾术，终不告之矣。2021/12/3 10:29:3310:29:3303 December 2021 8、企业的情况很复杂，所以应该有壮士断臂的勇气和决心，因为这个放弃减少了对他的很多压力和拖累，使他更有力量，寻找更好的机会来发展。10:29:33 上午10:29 上午10:29:3312月-21 ;;;;DNA chips的制备：Affymetrix photolitography;点样后的Gene chip;总结;基因芯片的实验流程;2. 图像处理与数据标准化;;基因表达量的定量;;Microarray: 误差的来源;;数据标准化;3. 基因芯片的数据分析;(1) 差异表达基因的分析;统计学分析;P-value: 学生分布;P-value: 学生分布;Multiple Comparisons;False Discovery Rate (FDR);(2) 基因共表达分析;没有相关性？;基因相关性分析;Pearson相关系数;(3) 基因表达数据的聚类;Hierarchical clustering;K-means clustering;K-means clustering;K-means clustering;K-means clustering;K-means clustering;K-means clustering;(4) 基因表达数据的分???;Diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL);(5) Map to GO;GOToolBox;(6) Gene regulatory network;相关系数：基因共表达网络;相关系数：基因共表达网络;4. Microarray: 工具数据库;GEO - NCBI;Array Express - EMBL;SMD - Stanford