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大家好： 我在此介绍几个进化树分析及其相关软件的使用和应用范围。 这几个软件分 别是 PHYLIP 、PUZZLE 、PAUP、TREEVIEW 、CLUSTALX 和 PHYLO-WIN （LINUX ）。 在介绍软件之前，我先简要地叙述一下有关进化树分析的一些方法学问题。 进化树也称种系树，英文名叫“ Phyligenetic tree 。对于一个完整的进化树分析” 需要以下几个步骤： ⑴ 要对所分析的多序列目标进行排列 （To align sequences）。 做 ALIGNMENT 的软件很多，最经常使用的有 CLUSTALX 和 CLUSTALW ，前 者是在 WINDOW 下的而后者是在 DOS 下的。⑵ 要构建一个进化树（ To reconstrut phyligenetic tree ）。构建进化树的算法主要分为两类：独立元素法 （discrete character methods）和距离依靠法 （di