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第二章
数据库;;;;;;;Contents 目录;History ;Half day on the web,;数据库的建设和发展;生物数据库的种类;数据库目录;;;;;;;;;;;;;;（5）GSS数据库 ; HTGS (High-Throughput Genomic Sequences)
;Nature, 409, 860-921;水稻基因组全基因组大小：430Mb； 每个Reads 读长450bp； 故覆盖每个水稻基因组所需反应：100万； 覆盖水稻基因组8X，需要800万反应；
每个反应的测序成本为19元，800万反应总共需15200万人民币；
人力费800万人民币。 ;Genome sequencing: QUICKER, SMALLER, CHEAPER ; Genome
;dbSNP (Database of Single Nucleotide Polymorphisms)
; dbSNP主页输入关键词; ;（10）DDBJ (DNA Data Bank of Japan); EPD (Eukaryotic Promoter Database)
; miRBase ;2、蛋白质数据库;数据库主页，使用关键词检索;蛋白质家族分类
蛋白质整合信息;3、结构数据库; X 射线衍射图、 核磁共振（NMR） 光谱图和电镜图（文字和三维结构图）;4、酶和代谢数据库; 检索Genetic Information Processing; 检索Environmental Information Processing; 检索Cellular Processes;5、物种分类数据库; ;6、文献数据库;（2）其它类型的文献数据库;7、向数据库提交和修改核苷酸和蛋白质序列;（1）向 GenBank提交或修改核苷酸序列;（2）向 SWISS-PROT 提交或修改蛋白质序列;上机操作;Xa26 nucleic acid sequence (DQ426646,6000 bp):
…ATGGCCATGGGTCCACACGCAGTGAGATGAATGCTAGATCTCACGAGAAAAAAGAAATACATCTCA GGGGTTGTGATGTACTGGATAATTTGCTCGTCATATTAACCATTAGCTTACTCTAGTTGATGTGGGCATG GATGGAGCCGGCAGCCGGCGATCCTATTTAA …;Adam Zemla????;Surface features of the substrate-binding pockets of TGEV Mpro (A) and SARS 3CL proteinase (B). The surface color was loaded by the electrostatic properties. One small molecule, its chemical structure is shown in (C), produced by the virtual screening on the MDDR database, represented as CPK model, was docked into the binding pockets. ;Microarray;Twenty most sequenced organisms in GenBank (2010.4);;;;
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