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RNA-seq分析结果解析转录调控业务线 内容回顾1分析流程2主要内容结果展示3内容回顾1分析流程2主要内容结果展示3DNA转录组研究回顾Long ncRNARNAsRNAmRNAProtein转录组测序技术发展回顾cDNA library-seqRNA-seqMicroarrayRNA-seq优势高通量、单碱基、灵敏可靠、成本低；可同时获得RNA的序列与丰度信息。RNA-seq优势RNA-seq较其他转录组研究技术的优势回顾技术cDNA library-seqMicroarrayRNA-Seq原理一代测序核酸杂交高通量测序分辨率单碱基几十到一百碱基单碱基通量低高高是否依赖基因组信息否是否背景噪音低高低成本/基因非常高低低 应用可否同时分析所有表达基因否是是基因表达变化检测范围无±100倍±10,000倍可否研究基因结构是否是RNA-seq流程回顾1. 试验方案设计2. RNA的提取与质检；3. 测序文库的构建；4. 上机测序与数据质控；5. 数据分析与结果展示。内容回顾1分析流程2主要内容结果展示3原始测序数据流 程有参转录组 / DGE 分析流程测序数据质量评估参考序列比对分析序列水平分析基因表达水平分析SNP、Indel差异基因筛选可变剪切分析KEGG富集GO富集蛋白网络互作新转录本预测原始测序数据流 程拼接、注释无参转录组分析流程测序数据质量评估SNP、SSR参考序列比对分析预测CDS基因表达水平分析基因差异表达分析Pathway富集GO富集蛋白网络互作流 程小RNA分析流程流 程LncRNA分析流程内容回顾1分析流程2主要内容结果展示3结 果结果展示（results)原始序列质控拼接注释结果序列水平分析表达质量评估差异基因分析/Users/apple/Desktop/%E7%9C%9F%E6%A0%B8%E6%97%A0%E5%8F%82%E7%BB%93%E9%A2%98%E6%8A%A5%E5%91%8A/Chestnut_Report.html结题报告Common QC结 果数据结果（QC）rRNA residualRemove Readscontaining adaptors;N 10%; of low qualitclean dataRaw dataExogenous contamination数据产出质量情况一览表Sample nameRaw readsClean readsclean basesError rate(%)Q20(%)Q30(%)GC content(%)A_135810984343660493.44G0.0398.4194.2748.97A_235810984343660493.44G0.0397.5492.5949.02Q20 98.41%：98.41%的碱基错误率在1%以下；Q30 94.27%：94.27%的碱基错误率在1‰以下；结 果数据结果（QC）- rRNA 残留/ 外源污染评估将原始数据与silva rRNA数据库进行比对，评估rRNA的残留率1%正常；15%需要rRNA剔除，15% 有问题sampleABrRNA rate0.02%3%mappingRaw dataComprehensive rRNA databases从样品数据单端fq中随机抽取650条reads与Nr库进行比对，选出比对次数排top10的物种，若其中存在与测序物种亲缘关系较远的物种，则说明样品可能存在外源物种污染SampleTop 10 species12345678910ADanaus plexippus(96, 14.77%, 30.28%)Helicoverpa armigera(38, 5.85%, 11.99%)Bombyx mori(29, 4.46%, 9.15%)Spodoptera frugiperda(16, 2.46%, 5.05%)Papilio xuthus(14, 2.15%, 4.42%)Papilio polytes(10, 1.54%, 3.15%)Heliothis virescens(7, 1.08%, 2.21%)Mamestra brassicae(5, 0.77%, 1.58%)Manduca sexta(5, 0.77%, 1.58%)Spodoptera exigua(5, 0.77%, 1.58%)结 果无参－拼接注释结果 由于无参转录组所研究的物种是没有参考基因组信息的，需进行拼接组装。诺禾采用目前转录组组装主流软件Trinity对测序结果进行组装，组装结果包含转录本和Unigene(选取最长的转录本为Unigene)，并对结果进行统计分析。Transcript length interval200-500bp500-1kbp1k-2kbp2kbp