原核生物的转录及调控.pptVIP

4、三元复合物的形成和σ因子的解离 RNA合成一开始，就形成模板-RNA pol-RNA的三元复合物。 σ因子解离，核心酶与模板的亲和性下降到非特异性结合的水平，RNA pol在DNA链上变得容易移动，为链的延伸创造了条件； 游离的σ因子可以重新进行功能循环。 第28页，共67页，编辑于2022年，星期五 转录的起始 核心酶在σ因子帮助下特异性结合到DNA上； RNA pol与启动子-35 box 结合，形成封闭型起始复合物； 酶滑动到-10 box，转变成为开放型起始复合物，启动子活化，双链解开，模板链暴露，插入最初的2个核苷酸； 酶继续加上开头的几个NTP，形成三元起始复合物，在RNA链合成了8～9个碱基后，σ因子解离，转录开始。 第29页，共67页，编辑于2022年，星期五 Model of the interaction between E. coil RNA polymerase holoenzyme and a promoter DNA Incorporating the first few Nt 第30页，共67页，编辑于2022年，星期五 二、原核生物转录的延伸 RNA pol沿着模板链移动，RNA链不断延伸，并保持三元复合物的结构； 转录泡中的DNA螺旋前开、后合，RNA延长，不断脱离DNA； RNA链的延伸速度不是恒定的，在模板富含GC的区域，转录就会减慢/停顿。 第31页，共67页，编辑于2022年，星期五 17bp 螺旋解开长度 12bp DNA-RNA复合体长度 第32页，共67页，编辑于2022年，星期五 影响RNA延伸速度的因素： ① RNA pol； ② 暂停信号：导致转录速度突然出现变化的特殊序列。 GC富集区：产物RNA不易释放； IR：产物形成茎环结构，妨碍上游的模板恢复双链。 ③ 其他配基：ppNpp、NusA蛋白。 第33页，共67页，编辑于2022年，星期五 NusA protein ： ★ 69 Kd, acid protein ★ RNApol-attaching factor ★ Impel RNApol. pausing in terminator for 1’-15’ and waiting for Rho factor to stop transcription of RNA ★ After initiation → substituting σ → NusA + core E antitermination N protein utilization substance 第34页，共67页，编辑于2022年，星期五 NusA binds to polymerase, and N binds to both NusA and box B of the nut site region of the transcript, creating a loop in the growing RNA. This complex is relatively weak and can cause antitermination only at terminators near the nut site (These conditions exist only in vitro.). (Nut N binding site ) antitermination N protein 第35页，共67页，编辑于2022年，星期五 三、原核生物转录的终止 转录的终止依赖于RNA产物的特定序列； 原核和某些真核生物的终止子要求转录产物RNA 3’端具有发夹的二级结构，茎部富有GC序列； 终止子的分类： 根据终止反应是否需要ρ蛋白 第36页，共67页，编辑于2022年，星期五 1、不依赖于ρ因子的终止子（强终止子） 结构特点：RNA具有一个发夹结构（富含GC）和随后polyU片段。 作用机制：RNA pol + 发夹结构 → 转录暂停→ 后随杂合分子不稳定的poly(U-dA) → RNA容易从模板上脱落→RNA-DNA-RNA pol 解聚 → 转录终止 第37页，共67页，编辑于2022年，星期五 第38页，共67页，编辑于2022年，星期五 2、依赖于ρ因子的终止子（弱终止子） ρ因子：55kD，六聚体。能够利用水解ATP释放的能量使RNA从三元复合物中释放出来； 结构：仍然具有茎环结构，但GC碱基对含量较少，下游也缺乏polyU结构。 第39页，共67页，编辑于2022年，星期五 第40页，共67页，编辑于2022年，星期五 1、 2、 3、 第41页，共67页，编辑于2022年，星期五 终止类型 回文序列 后随序列 不依赖ρ因子的终止子 富含