第六章系统发生分析.pptVIP

图6.7 利用邻近归并算法构造的系统发生树 图6.8 利用邻近归并算法构造的系统发生树 第三节 基于特征的系统发生树构建方法 一般问题： 给定n个物种 m个用以描述物种的特征 每个物种所对应的特征值 ?构建一棵系统发生树，使得某个目标函数最大。 输入一般为n×m的特征矩阵M 在构建系统发生树假设特征是相互独立的，即一个特征的变化不影响另一个特征。 另外，还假设在进化过程中，两个物种分叉后独立进化，互不影响。 1、最大简约法 目标： 构造一棵反映分类单元之间最小变化的系统发生树。 所谓简约就是使代价最小。 对于系统发生树最直观的代价计算就是沿着各个分支累加特征变化的数目。 甲 乙 丙 丁 戊 节点1 节点3 节点2 根节点 最大简约法的处理过程： （1）针对待比较的物种，选择核酸或蛋白质序列。有些分子比其它分子