基因组作图资料.pptx

基因组作图资料基因组作图资料第1页人类基因组四张图谱基因组作图资料第2页为何要绘制遗传图与物理图？基因组计划主要任务是取得全基因组序列，基因组太大，必需分散测序，然后将分散次序按原来位置组装，需要图谱进行指导 。基因组存在大量重复次序，会干扰排序，所以要高密度基因组图。遗传图和物理图各有优缺点，必须相互整合校正。基因组计划第一个步骤--构建基因组图谱基因组作图资料第3页基因组作图 应用界标或遗传标识对基因组进行精细划分，进而标示出DNA碱基序列或基因排列工作。 主要有遗传图、物理图、序列图、基因图。基因组作图基础构想 在长链DNA分子不一样位置寻找特征性遗传标识，并将其定位在染色体特定位置上，绘制基因组图。基因组作图资料第4页遗传标识 是DNA水平上绘制当代遗传图谱主要路标（landmark)。 染色体上基因和DNA次序均可作为路标，路标含有物理属性，他们由特定DNA次序组成。 路标位于染色体上位置是固定，含有唯一性，不会更改，因而提供了作图依据。基因组路标标识1标识2标识3基因组作图资料第5页一、 遗传图谱（genetic map）遗传图谱概念 采取遗传分析方法将基因或其它DNA序列标定在染色体上，得到线性排列图称为遗传连锁图，简称遗传图。 经过计算连锁遗传标识之间重组频率，确定它们相对距离，普通用厘摩(cM，即减数分裂重组频率为1%)来表示。基因组作图资料第6页一、 遗传图谱（genetic map）1、遗传标识 遗传图有特征性位置标识，用于表示基因组中特定次序所在位置。遗传标识类型 基因标识 形态标识、细胞学标识、生化标识 DNA标识 RFLP、微卫星、SNP基因组作图资料第7页一、 遗传图谱（genetic map）1、遗传标识遗传标识特征 个体间存在着多态性（即差异），也就是说含有可识别性。 该多态性在后代中能够重演，即含有可遗传性。基因组作图资料第8页一、 遗传图谱（genetic map）2、遗传作图基础 连锁分析是遗传作图基础。 在同一条染色体上基因间表现出遗传连锁个别连锁与重组：减数分裂时同源染色体发生交换；两个彼此靠近基因之间因交换而分离频率，要比相互远离两个基因之间发生分离频率要小。重组率可成为测量基因之间相对距离尺度，只要取得不一样基因之间重组率，就可绘制一份基因位于染色体上相对位置地理图基因组作图资料第9页一、 遗传图谱（genetic map）2、遗传作图基础 基因间交换（去连锁）概率与它们在染色体上距离成正百分比。因而重组频率是衡量两个基因间距离单位。少数例外：重组热点区域基因组作图资料第10页一、 遗传图谱（genetic map）3、遗传作图方法有性杂交试验：小鼠、果蝇等系谱分析：人、多年生植物DNA转移：不发生减数分裂细菌等基因组作图资料第11页一、 遗传图谱（genetic map）3、遗传作图方法有性杂交试验：小鼠、果蝇等 选择已知基因型亲本，设计杂交方案，取得交配子代并分析其表型和基因型。常见方法：两点测交和三点测交。测交：基因型杂合个体与相关隐性纯合个体之间交配 杂合个体产生各种配子所占百分比可在子代表型所占百分比上反应出来基因组作图资料第12页一、 遗传图谱（genetic map）3、遗传作图方法基因组作图资料第13页 ec + + + sc cv一、 遗传图谱（genetic map）3、遗传作图方法有性杂交试验 之 三点测交 例：果蝇 X 连锁三个突变基因 ec, sc, cvec sc cv♀×♂基因组作图资料第14页ec 7.6 sc62+88=7.6%1980ec 9.7 cv sc 7.6 ec 9.7 cv17.3杂合雌蝇（ec + +/+ sc cv）与隐性雄蝇（ec sc cv/Y）杂交表型实得数量ec + +810+ sc cv828ec sc +62+ + cv 88+ sc +89ec + cv103累计1980ec-sc 重组值：ec-cv 重组值：9.7sc-cv 重组值：17.3基因组作图资料第15页一、 遗传图谱（genetic map）3、遗传作图方法 之 家系连锁分析 遗传标识系谱连锁分析图“1”片段与疾病基因连锁基因组作图资料第16页一、 遗传图谱（genetic map）3、遗传作图方法 之 非减数分裂分析基因组作图资料第17页一、 遗传图谱（genetic map）3、遗传作图方法 之 非减数分裂分析基因转移在含有野生型等位基因供体品系与含有隐性等位基因受体品系之间进行，依据受体细胞是否取得基因指令生化功效来监测转移DNA是否进入受体细胞。接合：依据野生型基