BGI 非靶向代谢+靶向代谢联合研究方案（医学版）.pdfVIP

⾮靶向代谢+靶向代谢联合研究⽅案（医学版） ⽬录 ⼀. 研究背景 2 ⼆. 研究⽬的 2 三. ⽅案设计 2 1. 样本选择 2 2. 研究⽅法 3 3. 预期结果 4 四. 研究案例 5 案例⼀ L- ⾁碱治疗后败⾎性休克1年存活患者和死亡患者之间代谢组差异[1] 5 案例⼆：代谢组学研究早期结直肠癌⽣物标志物[2] 6 五. 华⼤优势 8 六. 参考⽂献 8 1 华⼤基因 ⼀. 研究背景 代谢组学是继基因组学和蛋⽩质组学之后新发展起来的学科，研究对象主要是⽣物体内1000Da 以内的所有⼩分⼦物质，如有机酸、氨基酸、核苷酸、糖、脂质、维⽣素等。代谢组学通过对⽣物 体内的⼩分⼦代谢物进⾏定性定量分析，寻找代谢物与⽣理病理变化的关系。由于能够更为真实和 直观地反应机体对于刺激的综合响应，代谢组学已经在疾病诊断、临床分型、预后评估、标志物筛 选、发病机制研究、药效研究、个性化治疗等多个领域得到了⼴泛应⽤。 ⼆. 研究⽬的 本⽅案适⽤于研究⽣物样本在不同⽣理病理状态下的代谢变化，可⽤于发现疾病相关的⽣物 标志物、分析不同疾病程度/分型有关的特征代谢物、探究发病机制、评估药效与治疗结果、帮 助开发个性化治疗等领域，为更好的诠释⼈类健康提供科学依据，有助于疾病的预防和治疗，推 动精准医疗的发展。 三. ⽅案设计 1. 样本选择 1.1 推荐分组及样本量分组： 1) 疾病组VS 阴性对照组 2) 对照组、疾病早期、疾病晚期 3) 对照组、疾病组、疾病治疗组 4) 在以上分组基础上增加其他分组，如不同治疗⽅法/ 时期、疾病不同阶段/ 不同型别、多 种样本类型等。 5) 样本量：建议每组植物样本每组⽣物学重复为6-8个，动物样本8-10个，临床样本每组 不少于30个。 1.2 样本及数据采集 1) 样本收集保存及运输⽅法：根据研究⽬的和研究背景的不同选择合适的样本，如⾎浆、 ⾎清、尿液、粪便、肠道内容物、临床组织、细胞等。 代谢样本收集后需液氮速冻，放⼊-80保存，寄送时⼲冰运输。 2) 临床指标采集：主要以⾎样中各种理化指标以及临床中医⽣认为与疾病相关性较⼤的各 种因素为主。 2 华⼤基因 2. 研究⽅法 1) ⾮靶向代谢组学：拟采⽤超⾼效液相⾊谱联合⾼分辨质谱仪（UPLC-HRMS ）的平台对样本中的 代谢物数据进⾏采集，筛选表型不同的样本之间的差异代谢物。 2) 靶向代谢组学：通过分析对差异代谢物进⾏筛选得到候选的代谢标志物后采⽤多反应监测技术 （Multiple Reaction Monitoring, MRM ）对⽬标差异代谢物进⾏验证。 2.1 ⾮靶向代谢组鉴定及定量阶段 采⽤⾮靶向代谢组的⽅式对样本使⽤⾮偏向的提取和分离⽅法进⾏代谢组数据的采集。得到代 谢谱图，⽐较不同组代谢产物的含量，寻找尽可能多的差异代谢物，并通过质谱数据与华⼤⾃建库 BGI Met-Lib ，mzCloud数据库（Thermo Fisher Scientific ）匹配的⽅式鉴定代谢物，提供候选的代谢 物列表做进⼀步标准品确认，经确认的代谢物可进⾏深⼊的⽣物学功能阐述，探究这些差异代谢物 与⾼粱品质之间的相关性。 2.1.1 ⾮靶向代谢组信息分析流程 1) 数据预处理及归⼀化； 2) 数据质控：包括QC样本TIC重叠图及QC样本PCA分析； 3) 统计分析：单变量分析（差异倍数及T检验）及多变量分析（PCA, PLS-DA ）； 4) 差异离⼦筛选及鉴定（注意此处鉴定为质谱数据与开源数据库匹配得到候选代谢物，最终确认代 谢物还需要与标准品进⾏匹配）； 5) 聚类分析和候选差异代谢物Pathway注释； 6) 差异代谢物通路富集分析； 7) 定制化分析由双⽅协商确定。 2.1.2 ⾮靶向代谢组信息分析结果展⽰ 以下展⽰为⾮靶向代谢组的重要信息分析结果图⽚： 3 华⼤基因 2.2 靶向代谢组确认阶段 由于化合物在不同仪器或不同实验条件下得到的谱图差异很⼤，因此通过数据库匹配的结果只