PCR实验操作程序.docx

PCR 实验操作程序 在无菌的 0.5ml 或 0.2ml 离心管中按下列操作程序加样： 反应物 加样顺序 体积(μ l) 终浓度 去离子水 1 29.4 10×Buffer B 2 5 1× 4×dNTP 混合物 3 5 各 200μ mol/L MgCl2 4 3 1.5mmol/L 有义引物 5 2.6 0.25μ mol/L 反义引物 6 2.6 0.25μ mol/L 模板 7 2 0.1μ g TaqDNA 聚合酶 8 0.4 1unit 用微量可调加样器和一次性Tip 向每一管中加 50μ l 矿物油。每加一管换一次Tip。 振荡每只管，然后短暂离心。 将管放到预热的热循环中，按下列程序开始循环： 预变性 94℃ 4 分钟 1 次 变 性 94℃ 1 分 钟 退火 37-65℃ 1 分钟延 伸 72℃ 1 分 钟 循环 30 次 终延伸 72℃ 7 分钟 1 次保存 4℃ 将PCR 产物进行琼脂糖凝胶电泳，分析结果。电泳条件：60-80V,15-20 分钟。 紫外分析仪检查电泳结果。四、讨论 假阴性，不出现扩增条带 PCR 反应的关键环节有①模板核酸的制备，②引物的质量与特异性，③酶的质量， ④PCR 循环条件。寻找原因亦应针对上述环节进行分析研究。 模板：①模板中含有Taq 酶抑制剂，②在提取制备模板时丢失过多，或吸入酚。③ 模板核酸变性不彻底。在酶和引物质量好时，不出现扩增带，有可能是模板核酸提取过程出 了毛病，可使用阳性对照的DNA 模板配合检查模板质量。 酶失活：需更换新酶，或新旧两种酶同时使用，以分析是否因酶的活性丧失或不够而导致假阴性。 引物：引物质量、引物的浓度、两条引物的浓度是否对称，是PCR 失败或扩增条带不理想、容易弥散的常见原因。有些批号的引物合成质量有问题，两条引物一条浓度高， 一条浓度低，造成低效率的不对称扩增，对策为：①选定一个好的引物合成单位。②引物的 浓度不仅要看OD 值，更要注重引物原液做琼脂糖凝胶电泳，一定要有引物条带出现，而且两引物带的亮度应大体一致，如一条引物有条带，一条引物无条带，此时做PCR 有可能失败，应和引物合成单位协商解决。如一条引物亮度高，一条亮度低，在稀释引物时要平衡其浓度。③引物应高浓度小量分装保存，防止多次冻融或长期放冰箱冷藏，导致引物变质降解 失效。④引物设计不合理，如引物长度不够，引物之间形成二聚体等。 Mg2+浓度：Mg2+离子浓度对 PCR 扩增效率影响很大，浓度过高可降低PCR 扩增的特异性，浓度过低则影响PCR 扩增产量甚至使PCR 扩增失败而不出扩增条带。 反应体积的改变：通常进行PCR 扩增采用的体积为 20ul、30ul、50ul、或 100ul， 应用多大体积进行 PCR 扩增，是根据科研和临床检测不同目的而设定，在做小体积如20ul 后，再做大体积时，一定要模索条件，否则容易失败。 物理原因：变性对 PCR 扩增来说相当重要，如变性温度低，变性时间短，极有可能出现假阴性;退火温度过低，可致非特异性扩增而降低特异性扩增效率，退火温度过高影 响引物与模板的结合而降低PCR 扩增效率。有时还有必要用标准的温度计，检测一下 扩增仪或水溶锅内的变性、退火和延伸温度，这也是PCR 失败的原因之一。 靶序列变异：如靶序列发生突变或缺失，影响引物与模板特异性结合，或因靶序列某段缺失使引物与模板失去互补序列，其PCR 扩增是不会成功的。 假阳性 出现的PCR 扩增条带与目的靶序列条带一致，有时其条带更整齐，亮度更高。引物设计不合适：选择的扩增序列与非目的扩增序列有同源性，因而在进行 PCR 扩增 时，扩增出的 PCR 产物为非目的性的序列。靶序列太短或引物太短，容易出现假阳性。需重新设计引物。 靶序列或扩增产物的交叉污染：这种污染有两种原因：一是整个基因组或大片段的交叉 污染，导致假阳性。这种假阳性可用以下方法解决：①操作时应小心轻柔，防止将靶序列吸 入加样枪内或溅出离心管外。②除酶及不能耐高温的物质外，所有试剂或器材均应高压消毒。所用离心管及样进枪头等均应一次性使用。③必要时，在加标本前，反应管和试剂用紫外线 照射，以破坏存在的核酸。二是空气中的小片段核酸污染，这些小片段比靶序列短，但有一定的同源性。可互相拼接，与引物互补后，可扩增出PCR 产物，而导致假阳性的产生，可用巢式PCR 方法来减轻或消除。 出现非特异性扩增带 PCR 扩增后出现的条带与预计的大小不一致，或大或小，或者同时出现特异性扩增带与非特异性扩增带。非特异性条带的出现，其原因：一是引物与靶序列不完全互补、或引物聚合形成二聚体。二是 Mg2+离子浓度过高、退火温度过低，及 PCR 循环次数过多有关。其次是酶的质和量，往往一些来源的酶易出现非特异条带而另一来源的酶则不出现，酶量