生物医学信息学PPT课件-第八章-生物信息计算及资源.pptx

;;;;第一节;第一节 生物信息学概述;第一节 生物信息学概述;第一节 生物信息学概述;第一节 生物信息学概述;第一节 生物信息学概述;第一节 生物信息学概述;第一节 生物信息学概述;第一节 生物信息学概述;第一节 生物信息学概述;第一节 生物信息学概述;第一节 生物信息学概述;第一节 生物信息学概述;第八章 生物信息计算及资源;第二节 组学数据;近年来，随着高通量测序技术的快速发展，以及测序成本的不断降低，为大量的测序类别涵盖基因组、转录组、蛋白质组、表观组等多层面数据快速的产生提供了便利。 目前，在生命科学、医药科学等研究领域，利用新一代高通量测序方法已经完成了近万人，以及千余种生物体的相关序列信息的测定。推动了基因组、转录组等研究技术手段进入到临床诊断、生物制药等高新技术产业领域，为疾病诊断和治疗，药物的研发等各个方面产生巨大的社会和经济价值。;生物信息学（bioinformatics），一门包含生物科学领域的信息获取、加工、存储、分析、解释等在内的所有方面，综合运用数学、计算机科学、生命科学技术理论和工具，阐明高通量生物数据所包含的生物学意义的交叉学科的快速兴起，为组学数据的研究创造了有利条件。能够从高通量、高复杂性的组学数据中提取出具有重要生物学意义的信息，解决复杂的生物医药问题。;（一）基因组介绍　 （二）基因组数据获取　 （三）比较基因组学;（一）基因组介绍;（二）基因组数据获取;（二）基因组数据获取;（三）比较基因组学;（三）比较基因组学;（一）蛋白质组介绍　 （二）蛋白质组数据获取及分析　;（一）蛋白质组介绍;（一）蛋白质组介绍;（一）蛋白质组介绍;（二）蛋白质组数据获取及分析;（二）蛋白质组数据获取及分析;（二）蛋白质组数据获取及分析;（一）转录组介绍和数据产生　 （二）转录组数据分析　;（一）转录组介绍和数据产生;;;;（一）DNA甲基化介绍　 （二）组蛋白修饰数据　;;;;;;;;（二）组蛋白修饰数据;;;;;第八章 生物信息计算及资源;第三节 常用软件工具;第三节 常用软件工具;第三节 常用软件工具;第三节 常用软件工具;第三节 常用软件工具;第三节 常用软件工具;第三节 常用软件工具;第三节 常用软件工具;第三节 常用软件工具;第三节 常用软件工具;第三节 常用软件工具;第三节 常用软件工具;第三节 常用软件工具;第三节 常用软件工具;（一）Cytoscape的介绍　 （二）Cytoscape的下载及安装 （三）Cytoscape的使用;;第三节 常用软件工具;1.Cytoscape的下载;2.Cytoscape的安装;;;第三节 常用软件工具;1.File菜单;2.Edit菜单;3.Layout菜单;3.Layout菜单;4.Apps菜单;5.Tools菜单;;;;;;;;（一）Perl的安装和运行　 （二）标量数据和简单的perl语句 （三）列表和数组 （四）哈希 （五）正则表达式;;;;第三节 常用软件工具;1.数字操作;2.字符串操作;2.字符串操作;3.标量变量;4.比较运算符;5.输入输出操作;6.If和while控制结构;while控制结构负责执行内部代码直到条件不为真，如下面的例子，$num每次减2，直至$num小于等于0： $num = 10; while($num 0){ $num -= 2; print Number is $num now\n; } ;;第三节 常用软件工具;1.列表赋值和访问数组元素;2.Foreach和for的用法;2.Foreach和for的用法;3.Reverse和sort操作;;第三节 常用软件工具;1.哈希元素的存取;2.keys和values函数;3.exists函数;4.delete函数;5.foreach在哈希中的应用;;第三节 常用软件工具;1.常用的模式通配字符;1.常用的模式通配字符;2.可选修饰符;;;（一）R简介　 （二）R的下载与安装 （三）R包 （四）R语言的医学基本操作 ;;;;;;;;;;;（一）Python简介 （二）Python环境搭建 （三）Python语言学习 （四）Python相关的资源 ;;;;第三节 常用软件工具;1.Python2.x与Python3.x;1.Python2.x与Python3.x;2.Python下载与安装;（1）Windows系统下安装Python　 在Windows系统下，进入Python官方网站的下载页面（/downloads/），Windows平台安装包下面，点击需要安装的Python版本，下载的文件为python-3.Y.Z.exe（Python 3.x版本，Y