基因组与蛋白质组.pptVIP

B 鉴定翻译后修饰的蛋白质 质谱可通过特征离子监测的方法很快确定磷酸化肽，通过串联质谱确定磷酸化位点； 质谱可与蛋白酶解和糖苷酶酶解结合，寻找糖肽，鉴定糖基化位点； 质谱还参与糖链组成、结构甚至分支情况等的分析。 第28页，共55页，编辑于2022年，星期三 C 质谱技术的其他作用 质谱可对蛋白质二硫键进行定量和定位，分析蛋白质与蛋白质的相互作用，蛋白质与其他分子的相互作用，以及蛋白质的二级结构等。 第29页，共55页，编辑于2022年，星期三 6.4蛋白质组数据库的建立和生物信息学 数据库的建立是蛋白质组研究的最重要的一个方面。 蛋白质的数据库包括： 蛋白质序列数据库 质谱数据库 双向电泳图谱数据库 有关蛋白质结构的数据库 第30页，共55页，编辑于2022年，星期三 6.5 与疾病相关蛋白质研究的基本策略 第31页，共55页，编辑于2022年，星期三 6.6 蛋白质组研究的目的 建立蛋白质互作网络 为人们了解生物体的各个生长、发育期的各个蛋白质有机组成、协作，更完整的解释各种生命现象奠定基础 促进人类疾病的治疗 第32页，共55页，编辑于2022年，星期三 第33页，共55页，编辑于2022年，星期三 本章要点 已知一个DNA片段，如何预测其开放读码框? RACE技术的基本原理是什么? 动物园杂交的原理 基因剔除法 RNAi的作用原理及应用 酵母双列杂交的原理 SAGE 的基本原理及技术路线 什么是蛋白质组、蛋白质组学，以及蛋白质组的研究目的和意义？ 第34页，共55页，编辑于2022年，星期三 第三章 物理作图(physical mapping) 物理作图: 应用分子生物学技术直接将DNA分子标记、基因或克隆标定在基因组的实际位置 物理图的距离: 依作图方法而异,辐射杂种作图的计算单位为厘镭(cR);限制性片段作图与克隆作图的图距单位为碱基对(bp) 第35页，共55页，编辑于2022年，星期三 物理作图的方法 限制酶作图(Restriction Mapping) 依靠克隆的基因组作图(clone-based mapping) 荧光原位杂交(Fish, Fluorescent in situ hybridization) 序标位作图 (STS，Sequence taged site) 第36页，共55页，编辑于2022年，星期三 1. 限制性作图 它是将限制性酶切位点标定在DNA分子的相对位置. 其只能应用于较小的DNA分子,其上限取决于作图分子中限制酶位点的频率. 通常采用的6碱基对识别顺序的限制酶仅适合50Kb以下DNA分子的精确作图. 第37页，共55页，编辑于2022年，星期三 1.1 限制酶作图(Restriction Mapping)基本原理 1Kb EcoR I 待检的DNA BamHI 15Kb 6Kb 5Kb 10Kb 9Kb E B B H H E H H H H E+B E B 6Kb E H 4Kb E B 5Kb B H 第38页，共55页，编辑于2022年，星期三 跨叠克隆群(Contig) 酶切位点 第39页，共55页，编辑于2022年，星期三 1.2 限制酶作图的改进 脉冲凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis) 稀有切点限制图绘制 第40页，共55页，编辑于2022年，星期三 稀有切点限制图绘制注意事项: 识别顺序越长产生的片段越大; 识别位点碱基的组成影响限制性片段的大小; 如人类基因组A/T比例接近60/%,选用高比例A/T位点限制酶,产生的片段多于高比例G/C识别位点酶 有些限制酶识别位点较长 如酵母的Ⅰ-Sce识别顺序为18bp, 如果高等真核生物基因组中无此序列,可通过转座子转座和噬菌体转导的方法将其引入代测基因组中. 基因组DNA 的甲基化状态 如人类活细胞基因组中大量5’-CG-3’顺序的胞嘧啶被甲基化,使许多含有5’-CG-3’顺序的内切酶很少找到可切位点. 第41页，共55页，编辑于2022年，星期三 2.1 大片段DNA的克隆载体 YAC: 酵母人工染色体 230-1700Kb BAC: 细菌人工染色体 300Kb PAC: P1人工染色体 300Kb Fosmids: 30Kb 2. 基于克隆的基因组作图 第42页，共55页，编辑于2022年