快速低成本全基因组DNA测序技术.docxVIP

快速低成本全基因组DNA测序技术 27卷2期2021年4月 中　国　生　物　医　学　工　程　学　报 chinesejournalofbiomedicalengineeringvol.27　no.2 april　2021 陆祖宏　吕　华　肖鹏峰　白云飞 (东南大学分子电子学国家重点实验室,南京　210096) 剥　必须:人类个体的全基因组序列信息,就是最为关键的生物医学信息,就是同时实现未来个体化医疗的基础;同时实现个体全系列基因组dna序列的快速低成本检测,就是人类基因组计划顺利完成后又一个关键的技术挑战。对该技术当前的发展现状展开总结和分析,预计在不常的时间内人类个体全系列基因组的测序成本能减少至1。关键词:全系列基因组测序;个体化医疗;功能基因组学;快速ultra2low2costanddnasequencing onghua　xiaopeng2feng　baiyun2fei (stateeylaboratoryforbioelectronics,southeastuniversity,nanjing210096) keywords:genomesequencing;personalmedicine;functionalgenomes;deepdnasequencing 中图分类号　r318　　文献标识码　a　　文章编号025828021(2021)0220212205 人类基因组计划是人类科学发展史上的一项伟大工程。1990年开始,人类用了12年的时间完成了人类遗传密码30亿对碱基序列的测定术的研究 有增无减,dna测序技术仍在日新月异地高速发展。以当前最为一流的abiprism3730dna测序仪为基准,写作长度就是800bp,平均值每个碱基的成本就是01008美元。必须顺利完成一个30亿碱基的测序,须要150台abiprism3730dna测序仪运转一年,测序 人类基因组计划委员会一直高度重视dna测序技 。在整个人类基因组计划继续执行过程中, 基因组dna测序成本迅速下降,测序速度快速提高,dna测序仪自动化水平突飞猛进。毛细管阵列电泳仪的发明,以及1995年自动化测序仪的出现,使得每一个碱基的测序成本降至1美元,单台仪器的测序速度提高到100000bpπ天;1998年abiprism 成本吻合2400万美元 。近年来,dna测序成本以 每两年减少一半的速度递增,2021年2月份顺利完成的弥猴基因组草图的费用为2200万美元。尽管如此,目前通用型毛细管阵列dna测序方法在成本和耗时方面,仍然远远满足用户没法生命科学和医学发展的建议,这也很大地制约了dna测序市场的发展。 功能基因组研究的目的是要认识基因组中每个核酸的生物学含义,发现疾病易感基因。功能基因组的研究途径是比较基因组学,即通过比较和分析不同表型个体之间基因组序列差异,解码基因组中每个核酸的生物学意义,发现功能基因,识别与疾病相关的分子遗传信息;进一步,根据个体基因组信 3700dna自动化测序仪的面世,每一个碱基的测序 成本降低到011美元,测序速度达到900000bpπ天。正是测序技术的发展,才使得人类基因组计划得以提前顺利完成。 ,人类对于测序技术的市场需求 收稿日期:2021208209,修回日期:2021211208。3通讯作者。　e2mail:zhlu@seu.edu.cn 2期陆祖宏等:快速低成本全系列基因组dna测序技术 息,实现疾病的预测、预防和个体化治疗。随着功能基因组研究的发展以及人们对提高医疗健康水平的不懈追求“,个体化医疗”即将进入人们的生活。为了真正实现“个体化医疗”这一目标,首先要对每个人的基因组进行测序,找出不同个体在dna序列上的差异与不同疾病、发育等的相关性。但是,大规模个体全基因组dna的测序,即对大量的人类个体的基因组dna(包含有30亿碱基)进行再测序,其成本仍太高。这严重地限制了功能基因组的研究进展,影响到人类基因组计划的研究成果的应用。对于目前的基因组测序成本而言“个体化医疗”,仍然是人类的一个遥远的梦想。 当然,。人类单核苷酸多()列于(microarray)芯片[6],甄选有关差异的snps,找寻有关基因的功能。但是,snps仅仅代表人类群体基因组中一类正常的单核苷酸差异,它们大多与疾病的关系并不紧密。因此,目前人们在展开snp有关的表型分析时,大多很难获得明晰的结论。而对于人类基因组中存有的与功能有关的大量未明变异信息,目前的snp技术变得无能为力。 目前,国际学术界已经清醒地认识到发