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第三章 分子力学的应用 科学问题 分子结构：蛋白质，核酸，配体，膜，表面，高分子 ? 相对能量 – 构象能，立体效应 – 溶剂化 – 分子间相互作用, 结合能 ? 异构化能 振动频率 生成热 势能面 势能为分子中原子坐标的函数，由原子不同的坐标所得到的势能构成所谓的“势能面”。 Local Maxima Global Maximum Local Minima Global Minimum Saddle Point ?2E/?Qi20，?2E/?Qj2 0 (j = 1，2，…，3N-6; i≠j) Hessian 矩阵 H = 一般来讲，有N个原子构成的反应体系的势能面将与3N－6(对于直线体系为3N－5)个独立自由度有关，即E(q1，q2，…，q3N-6)。反应物、生成物和过渡态均是此3N－6维构型空间中超曲面上的极值点，在极值点处能量梯度?E/?qi值满足条件：?E/?qi = 0 (i =1，2 …，3N-6)。 为了描述这些极值点，还需要该点附近的曲面曲率信息，必须进一步做出势能的二级微商，?2E/?qi?qj。这些量构成3N－6维的矩阵H，称为Hessian矩阵。 分子力学计算热力学性质 微观性质与宏观性质之间的关系 微观性质 T,P U,H,A,G,S m,Cp,… 宏观性质 统计热力学 分子特