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会计学1SPN与心脑血管疾病易感性 SNP及检测技术 第1页/共20页 SNP 的概念 单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）同一物种不同个体基因组DNA的等位序列上单个核苷酸存在差别的现象。它是人类可遗传变异中最常见的一种。它由单碱基的转换, 颠换、 插入及缺失等变异引起第2页/共20页 单核苷酸多态性在基因组中的位置和分类一是遍布于基因组的大量单碱基变异; ?5’-端非编码区SNP 3’-端非编码区SNP 其他非编码区SNP二是分布在基因编码区(coding region) , 称其为cSNP，属功能性突变。?基因编码区SNPs（Coding-region SNPs，cSNPs） ?同义SNP：引起AA残基改变 ?非同义SNP第3页/共20页 SNP在基因组内的形式:SNP在单个基因或整个基因组的分布是不均匀的： （1）非转录序列要多于转录序列（2）在转录区非同义突变的频率, 比其他方式突变的频率低得多。 位于外显子区并改变氨基酸序列的SNP以及位于基因表达调控区的SNP可能具有重要临床意义和功能意义第4页/共20页 SNP 的特点 在遗传学分析中, SNP 作为一类遗传标记得以广泛应用, 主要源于这几个特点: （1）密度高　SNP在人类基因组的平均密度估计为 1\1000 bp , 在整个基因组的分布达 3×106个, 遗传距离为 2～3cM , 密度比微卫星标记更高, 可以在任何一个待研究基因的内部或附近提供一系列标记。（2）富有代表性　某些位于基因内部的SNP 有可能直接影响蛋白质结构或表达水平, 因此, 它们可能代表疾病遗传机理中的某些作用因素。 第5页/共20页 SNP 的特点（3）遗传稳定性 与微卫星等重复序列多态性标记相比, SNP 具有更高的遗传稳定性。（4）易实现分析的自动化　SNP标记在人群中只有两种等位型(allele) 。这样在检测时只需一个“ + \- ”或“全\无”的方式，而无须象检测限制性片段长度多态性，微卫星那样对片段的长度作出测量，这使得基于SNP的检测分析方法易实现自动化。第6页/共20页 检测SNP的常用技术 ?以凝胶电泳为基础的分析方法 ?以PCR( allele specific PCR, ASPCR )为基础的分析技术 ?以酶为基础的分析技术 ?以杂交为基础的分析技术第7页/共20页 等位基因特异 PCR ( AS-PCR)原理：根据 SNP位点设计特异引物,其中一条链(特异链)的3′末端与 SNP位点的碱基互补(或相同) ,另一条链(普通链)按常规方法进行设计,因此,AS-PCR技术是一种基于SNP的PCR标记。因为特异引物在一种基因型中有扩增产物,在另一种基因型中没有扩增产物,用凝胶电泳就能够很容易地分辨出扩增产物的有无,从而确定基因型的 SNP。第8页/共20页 直接测序是最容易实施的SNP 检测方法。通过直接测序检测SNP 的基本原理是: 通过对不同个体同一基因或基因片段进行测序和序列比较, 以确定所研究的碱基是否变异, 其检出率可达100%。采用直接测序法, 还可以得到SNP 的类型及其准确位置等SNP 分型所需要的重要参数。随着DNA 测序自动化和测序成本的降低, 直接测序法将越来越多地用于SNP 的检测与分型。直接测序法(direct sequencing) 第9页/共20页 心脑血管疾病易感性 第10页/共20页 易感性易感性是指—由遗传基础所决定一个个体患病的风险。也可以理解为在相同环境下，不同个体患病的风险。易感性完全由基因决定。在环境致病因子作用下的基因表达往往起着更重要的作用。因为即使基因型一致，基因表达还会受到甲基化、体细胞突变、X染色体的随机失活等影响。第11页/共20页 心脑血管疾病心脑血管疾病是全球范围严重威胁人类健康，造成人类死亡最主要的原因,包括动脉粥样硬化、冠心病、高血压、心衰和脑卒中等疾病。心脑血管疾病发病过程是错综复杂的。SNP 在肾素－ 血管紧张素－ 醛固酮( RAAS) 系统相关作用分析研究的进展。第12页/共20页 基因多态性1.肾素－ 血管紧张素－ 醛固酮( RAAS) 系统相关基因多态性受体阻断剂与CYP2D6基因多态性3.他汀类药物与载脂蛋白4.华法林与维生素K环氧化物还原酶和CYP2C9基因多态性第13页/共20页 RASS肾素－血管紧张素－醛固酮系统( reninangiotensin － aldosterone system，RAAS)，在维持心脑血管系统正常生理功