基于SLAF-seq的茶组子房室数不稳定居群种质亲缘关系分析 (1).pdfVIP

园艺学报，2022 ，49 (11) ：2455 –2470. Acta Horticulturae Sinica doi ：10.16420/j.issn.0513-353x.2021-0876；http ：//www. ahs. ac. cn 2455 基于SLAF-seq 的茶组子房室数不稳定居群种质 亲缘关系分析 1,5 2 3 2 4 1 1,5 吴致君 ，李 伟 ，王兴华 ，张 成 ，蒋 勋 ，黎 盛 ，罗理勇 ， 孙 康1,5,* ，曾 亮1,5,* 1 2 3 （西南大学食品科学学院，重庆 400715 ； 重庆市南川区农业特色产业发展中心，重庆 408400 ； 云南农业大学茶 4 5 学院，昆明 650201 ； 云南普洱市茶叶科学研究所，云南普洱 665000 ； 西南大学茶叶研究所，重庆 400715 ） 摘 要：为了进一步探究子房室数不稳定（子房无毛、3 ~ 5 室、花柱 3 ~ 5 裂）茶组（section Thea） 居群种质（UONG ）的亲缘关系，明确居群内个体的变异是否引起了种间变异，以重庆、云南及其他部分 省份 87 个山茶属茶组和非茶组植物（外类群对照）种质为材料，利用 SLAF-seq 技术进行简化基因组测 序和分子标记分析。测序共获得 2 804 071 个 SALF 标签，平均测序深度为 11.73×。通过 SALF 标签比对 参考基因组，共获得 25 069 219 个群体 SNP 分子标记。基于高一致性 SNP 数据，系统发育树、遗传结构 和 PCA 分析等方法均将调查种质分为 3 种类型，即云南等的茶组和非茶组种质（Ⅰ类）、重庆大茶树居群 种质（Ⅱ类）和多个省份来源的茶系（常见栽培种和‘川小种’）种质（Ⅲ类）。Ⅰ类种质中茶组植物， 包含了五室茶系、五柱茶系、秃房茶系和茶系种质。Ⅱ类种质由UONG 和茶系种质 （形态特征介于UONG 与常见茶系种质之间）组成。此外，遗传分化系数 FST 表明，Ⅱ类种质与其他几类种质遗传分化程度最高 （ 0.3 ），Ⅰ类与Ⅲ类种质之间也存在较高的遗传分化（ 0.2 ）。简化基因组测序分类结果和FST 值表明， 调查的 UONG 为一类相对独立种质，居群内个体的变异并未引起种间变异。因此，将该类种质归入到一 个种下的处理较为合理。此外，在重庆地区存在一类与 UONG 遗传结构交叉的茶系种质，可能为自然远 缘杂交后代。 关键词：茶组；子房室数；亲缘关系；SLAF-seq；SNP 中图分类号：S 571.1 文献标志码：A 文章编号：0513-353X （2021 ）11-2455-16 Genetic Relationship Analysis of the Population Germplasms of Section Thea with Unstable Ovary Locule Number Based on SLAF-seq 1,5 2 3 2 4 1 1,5 WU Zhijun ，LI Wei ，WANG Xinghua ，ZHANG Cheng ，JIANG Xun ，LI Sheng ，LUO Liyong ， SUN Kang1,5,*，and ZENG Liang1,5,* 1 2 （