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转录组分析流程
转录组分析是利用 DNA和 RNA 来研究基因表达的一种研究方法。近年来,由于全基因组DNA测序的发展,以及转录组学 (Transcriptomics)和其他生物信息技术的可行性,转录组分析在基因组学中受到了越来越多的关注。
转录组分析是由许多步骤组成的,其主要流程如下:
1.RNA提取:先经过细胞和组织的剥离,然后通过 RNA 提取技术将样本中的RNA提取出来,从而获得尽量多的RNA,为下一步的处理打下基础。
2.样本质控:提取出来的RNA进行加工处理,检查是否有明显的片段,以及样品数量、质量,按照批次进行分类;
3.转录组测序:根据反转录技术,将RNA转录成cDNA,再进行高通量测序,从而得到大量的基因表达数据;
4.数据处理:对测序得到的数据进行质量控制,清理,预处理和比对,从中得到有价值的结果;
5.特征值提取:根据质控后的序列数据,对基因表达和转录本的特征SELECT进行提取;
6.统计分析:利用统计模型,分析基因表达水平及转录本水平之间的差异,看出哪些基因及转录本在不同实验条件下有明显差异。
7.可视化:将数据进行可视化处理,如表达量作图,基因簇图,FPKM对比图等,便于对结果的把握,获得更加清晰的见解。
以上就是一般的转录组分析流程,如果接下来还需要进行基因功能分析则需要基因注释、跨基因组学分析的算法,以及基因元件网络分析等。研究人员还可以利用基因元件网络分析法来研究基因表达数据之间的规律,从而深入了解基因组中基因表达的网络表达调控,继而更好地理解其生物学功能。
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