有参考基因组的转录组生物信息分析.docVIP

一、生物信息解析流程 获得原始测序序列(SequencedReads)后，在有相关物种参照序列或参照基因组的情况下，经过以下流程进行生物信息解析： 二、项目结果说明 原始序列数据 高通量测序(如illuminaHiSeqTM2000/MiSeq等测序平台)测序获得的原始图像数据文件经碱基鉴识(BaseCalling)解析转变为原始测序序列(SequencedReads)，我们称之为RawData或RawReads，结果以FASTQ(简称为fq)文件格式储藏，其中包括测序序列(reads)的序列信息以及其对应的测序质量信息。 FASTQ格式文件中每个read由四行描述，以下： @EAS139:136:FC706VJ:2:2104:15343:1973931:Y:18:ATCACG GCTCTTTGCCCTTCTCGTCGAAAATTGTCTCCTCATTCGAAACTTCTCTGT + @@CFFFDEHHHHFIJJJ@FHGIIIEHIIJBHHHIJJEGIIJJIGHIGHCCF 其中第一行以“@”开头，随后为illumina测序表记符(SequenceIdentifiers) 和描 述文字(选择性部分)；第二行是碱基序列；第三行以“+”开头，随后为illumina 测序标 识符(选择性部分)；第四行是对应序列的测序质量(Cocketal.)。 illumina 测序表记符