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— — PAGE 1 — 文献解读《iMeta综述：多组学在肿瘤微生物研究中的应用  文章标题：Applying multi‐omics toward tumor microbiome research 发表期刊：iMeta 作者单位：俄亥俄州立大学医学院放射肿瘤学系、俄亥俄州立大学詹姆斯综合癌症中心癌症代谢中心、俄亥俄州立大学医学院生物化学和药理学系肿瘤微生物在肿瘤发生、发展、转移和治疗过程中起着重要作用，且极有可能成为肿瘤早期诊断和治疗的标志物，但同时也存在一定的挑战，如肿瘤内微生物含量低和不可培养，因此亟需新的高分辨率的技术来支持后续的研究。多组学技术（基因组学，转录组学，蛋白质组学和代谢组学）能从不同层次阐述肿瘤微生物，将对未来微生物与肿瘤微环境相互作用的研究产生巨大影响。本文系统总结了多组学技术的研究进展及其在肿瘤微生物组研究中的应用，为研究者提供了一个可供参考的组学工具箱。 1.引言肿瘤微环境(Tumor Microenvironment, TME)中存在微生物并受其影响，目前地球上大约有1012种已知的微生物，只有11种被国际癌症研究机构(International Agency for Research on Cancer, IARC)确认为肿瘤微生物。研究人员发现微生物活体存在于多种肿瘤中（乳腺癌、结直肠癌、肝细胞癌、胰腺癌、皮肤癌、肾细胞癌，胃癌、肺癌、前列腺癌和鼻咽癌等；图1），而且不同类型肿瘤中的微生物有惊人的相似之处。肿瘤内微生物通过DNA损伤、致癌激活途径、抗肿瘤药物分解代谢和免疫系统调节等多种机制影响肿瘤的发展和治疗（如：大肠杆菌释放能够诱导致癌DNA突变的基因毒素；幽门螺杆菌通过诱导炎症和影响调节粘膜细胞生长和增殖的关键细胞内信号通路；用于治疗胰腺导管腺癌的化疗药物吉西他滨被肿瘤内细菌代谢至失活状态，从而导致耐药性）。 图1. 微生物的致癌作用以及多组学方法研究肿瘤微生物2.用于肿瘤微生物组研究的基因组学和转录组学 基因组学和转录组学专注于研究参与基因表达调控的核酸（DNA和RNA）。目前，使用最广泛的测序技术（图2）包括三种二代测序系统（即Illumina、Ion Torrent、BGI）和两种三代测序技术（即PacBio和纳米孔）。这些测序方法（DNA测序，RNA测序，16S rRNA测序，表观遗传学测序（如ChIP-seq和DNA/RNA甲基化测序）和三维基因组技术）是发展各种基因组和转录组研究方法的基础。此外，基因编辑工具的最新研究进展已经能够在全基因组水平上进行多基因操作。 图2. 用于肿瘤微环境研究的基因组和转录组研究技术2.1 DNA测序 DNA-seq通常用于三种类型的基因组分析：全基因组测序(Whole Genome Sequencing, WGS)、全外显子测序(whole exome sequencing, WES)和靶向测序。随着DNA技术的快速发展，DNA-seq正成为研究不可培养微生物（包括人类微生物组中的微生物）的有力工具。基因组文库的测序和异源表达极大地促进了我们对代谢途径和肿瘤微生物生理的理解。2.2 16S rRNA测序16S rRNA测序是一种专门针对细菌和古细菌表达的30S核糖体亚单位16S的测序技术；该序列包含交替的高度保守和高变区；保守区可用于设计扩增靶向片段的通用引物，而高变区的分析可用于鉴定特定的细菌物种，尽管一些解释可能低于物种水平。在肿瘤微生物组领域，16S rRNA测序主要用于研究群落中物种的组成、物种间的进化关系以及微生物群落多样性。2.3 RNA测序（RNA-seq）RNA-seq是一种转录组测序方法，其中高通量测序方法用于研究复杂样品中不同RNA的群体，包括信使RNA(messenger RNA, mRNA)、转运RNA(trainsfer RNA, tRNA)、非编码RNA(noncoding RNA, ncRNA)和微小MicroRNA(micro RNA, miRNA)等。在过去几十年里，RNA-seq技术已成为在转录组水平上分析基因表达不可或缺的工具。在RNA生物学领域，RNA-seq已广泛应用于研究单细胞基因转录、蛋白质表达和RNA结构。RNA-seq技术的进步也进一步促进了空间转录组学的出现和发展；直接长阅读或全长RNA-seq方法、以及不断更新的数据分析方法，使研究人员能够更好地了解RNA生物学（包括转录过程机制以及折叠和分子间相互作用对RNA功能的影响）。总的来说，RNA-seq是通过基因转录水平上的分析来研究癌细胞和肿瘤微生物组通路交互影响的强有力工具。2.4 表观遗传学技术表观遗传学研究不涉及DNA序列改变的表型变化。与遗传调节不同，典型的表观遗传变化（包括DNA