蛋白质组与蛋白质结构分析.pptVIP

（5）MOE（molecular operating environment）软件 综合生物大分子结构分析和计算机辅助药物设计等多种功能的商业软件。其优势在于可视化工具非常方便，便于对分子局部操作，对所建模型进一步局部优化和修正。 现在是95页\一共有147页\编辑于星期五 （二）折叠识别法 结构在进化上的保守性要高于序列。尤其在只能找到同源性小于30%的模板时比较适用。 此方法包括两步：①将目标蛋白序列和已知的折叠进行匹配，根据比对的进化信息在已知的结构中找到一个或几个匹配最好的折叠结构，作为建模的模板。②将目标序列的：线“穿”到模板的折叠结构上，拼装出最好的匹配模型。 现在是96页\一共有147页\编辑于星期五 这种方法局限性在于已有的蛋白质折叠类型还是有限的，序列相似的蛋白也可能具有明显不同的折叠模式等等。 现在是97页\一共有147页\编辑于星期五 （三）蛋白质三维结构的从头预测方法 如果目标蛋白序列缺乏已知结构的同源蛋白质，则可采用从头预测方法（ab initio）或称自由建模法。从头预测法的理论依据是Anfinsen假说，即在给定条件下蛋白质的天然结构对应其自由能最低的状态。 现在是98页\一共有147页\编辑于星期五 成功的从头预测依赖于以下因素的有效性： ①通过能量优化找到的蛋白质结构具有充分的结构可靠性和计算可控性； ②符合实际的力场或其他作用力描述方法； ③高效