1. 您所在位置：
  2. 网站首页
  3. 文档分类
  4. 行业资料
  5. 国内专利

一种基于聚类算法的高性能k-mer频次计数方法及系统.pdfVIP

  • 4
  • 0
  • 约1.67万字
  • 约 15页
  • 2023-05-17 发布于四川
  • 举报

一种基于聚类算法的高性能k-mer频次计数方法及系统.pdf

    本发明公开了一种基于聚类算法的高性能k‑mer频次计数方法及系统，涉及生物信息学技术领域，该方法利用CPU读取基因组格式文件，得到长度为L的基因序列reads；通过CUDA流将文件传输至GPU，采用字符串拆分方法分裂基因序列，并进行k‑mer序列碱基坐标值转换；然后通过Kmeans聚类求取坐标数组质心，将k‑mer序列及其质心返回CPU；最后CPU对k‑mer出现频次进行计数，输出k‑mer频次分布结果。本发明大幅提高了k‑mer频次计数的速度，减小了对计算资源的占用，有助于生信分析人员以更快的

    (19)国家知识产权局 (12)发明专利 (10)授权公告号 CN 114822699 B (45)授权公告日 2023.04.07 (21)申请号 202210364981.2 (51)Int.Cl .

    您可能关注的文档

    最近下载

    文档评论（0）

    1亿VIP精品文档

    更多 >

    相关文档

    更多 >