基因组学功能基因组学.pptxVIP

基因组学功能基因组学;功能基因组学;功能基因组学简介;功能基因组学的研究内容;基因的识别;基因的识别;表达序列标签(expressed sequence tag，EST); EST应用;估计基因的功能（以小麦基因组为例）;估计基因的功能（以小麦基因组为例）;估计基因的功能（以小麦基因组为例）;基因功能的确定（以小麦基因组为例）;基因功能的确定（以小麦基因组为例）;基因功能的确定（以小麦基因组为例）;基因功能分析;基因产物———蛋白质功能的研究;目前功能基因组研究的主要技术及应用; SAGE （serials analysis of gene expression） 基因表达系列分析 Velculescu 及其同事于1995年创立 ;SAGE特点： 进行转录物组研究，也就是转录水平的研究； 通过快速和详细分析成千上万个EST，寻找出表达丰度不同的SAGE标签序列，从而接近完整地获得基因组的表达信息； SAGE区别于差异显示、消减杂交等其它技术的主要特点是可用于寻找那些较低丰度的转录物，最大限度地收集基因组的基因表达信息，这使之成为从总体上全面研究基因表达、构建基因表达图谱的首选策略； SAGE可用于在不同环境、不同生理状态及不同生长阶段的细胞和组织表达图谱构建，对不同状态下基因表达水平的定量或定性比较，特别是对疾病组织与正常组织的比较发展迅速； ;SAGE 技术的主要理论依据： 来自转录物内特定位置的一小段寡核苷酸序列（9~11bp）含有鉴定一个转录物特异性的足够信息，可作为区别转录物的标签（tag）； 通过简单的方法将这些标签串联在一起，形成大量多联体（concatemer），对每个克隆到载体的多联体进行测序，并应用SAGE软件分析，可确定表达的基因种类，并可根据标签出现的频率确定基因的表达丰度（abundance）。 ;1. 将5μg含有oligo dT（引物）的磁珠与RNA混合。;6. 延伸5秒，连接成约130bp的双链标签。?;SAGE实例;蛋白质组(Proteome);蛋白质组分析复杂性;蛋白质组研究技术;双向凝胶电泳 样品制备（包括蛋白质的溶解、变性及还原，从而去除非蛋白质杂质等）→ 第一向等电聚焦（根据蛋白质电荷差异进行分离）→ 第二向SDS（以蛋白质分子量差异为基础）→蛋白质的检测（用考马斯亮蓝、银染、铜染等方法）→图谱数字化分析（图象扫描、确定每个蛋白质点的等电点和分子量，寻找差异蛋白）;双向电泳图;质谱技术的基本原理： 样品分子离子化后，根据不同离子间质核比（m/z）的差异来分离并确定分子量。 质谱仪组成： 进样装置、离子化源、质量分析器、离子检测器和数据分析系统组成。 ;质谱技术在蛋白组研究中的应用： A 肽质谱和肽序列分析 蛋白质经双向电泳后，分离到的蛋白质被切割下来，进行胶内酶解，或转移到PVDF膜上，进行膜上膜解，然后上样进行测序。 但目前质谱法还不能够取代Edman降解法测序，可是其测定速度较快。;B 鉴定翻译后修饰的蛋白质 质谱可通过特征离子监测的方法很快确定磷酸化肽，通过串联质谱确定磷酸化位点； 质谱可与蛋白酶解和糖苷酶酶解结合，寻找糖肽，鉴定糖基化位点； 质谱还参与糖链组成、结构甚至分支情况等的分析。 ;C 质谱技术的其他作用 质谱可对蛋白质二硫键进行定量和定位，分析蛋白质与蛋白质的相互作用，蛋白质与其他分子的相互作用，以及蛋白质的二级结构等。;蛋白质组数据库的建立和生物信息学 数据库的建立是蛋白质组研究的最重要的一个方面。 蛋白质的数据库包括： 蛋白质序列数据库 质谱数据库 双向电泳图谱数据库 有关蛋白质结构的数据库 ;蛋白质组学的应用;蛋白质组 ;蛋白质组研究技术路线;证实并克隆差异表达基因 ;差异显示;基因组表达及调控的研究;基因芯片技术及应用;基因芯片的应用;基因芯片;基因芯片示意;人类基因组芯片(Genetic Files);第45页/共48页;第46页/共48页;基因芯片的应用;谢谢观看！