无刺龙舌兰叶绿体基因组特征及密码子偏好性分析.docxVIP

? ? 无刺龙舌兰叶绿体基因组特征及密码子偏好性分析 ? ? 王飞 辛雅萱 董章宏 赵文植 李卫英 马路遥 夏茂甜 辛培尧 Summary：【目的】分析無刺龙舌兰叶绿体基因组特征及密码子偏好性，为无刺龙舌兰叶绿体相关基因的表达、修饰和物种进化研究提供参考。【方法】对无刺龙舌兰的叶绿体基因组进行测序、组装和注释，分析密码子偏好性及其影响因素，并通过建立高、低基因表达库，筛选出最优密码子。基于20个已发表的龙舌兰科植物叶绿体基因组数据构建系统发育进化树。【结果】无刺龙舌兰叶绿体基因组总长157579 bp，大单拷贝区（LSC）、小单拷贝区（SSC）和2个反向重复区（IRa和IRb）的长度分别为85940、18279和26680 bp，GC含量为37.8%，包括135个基因（85个蛋白编码基因、38个tRNA基因、8个rRNA基因及4个未知功能的基因），从中筛选出51个长度大于300 bp的基因编码区（CDS）序列，其有效密码子数（ENC）均大于41.0。GC1、GC2、GC3和GC3s含量分别为46.75%、39.61%、29.19%和26.06%，说明密码子第3位多以A/T结尾。GCall与GC1、GC2和GC3均呈极显著相关（P0.01，下同），但GC3与GC1和GC2均无显著相关性（P0.05，下同），表明密码子第1、2位的碱基组成相似，但与第3位的相似度不高。选择和突变