基因芯片技术利用基因芯片进行差异表达基因分析解析.pptxVIP

第1页/共63页基因芯片技术利用基因芯片进行差异表达基因分析解析第2页/共63页第8章 利用基因芯片进行差异表达基因分析内容提要：第一节 差异表达基因分析第二节 聚类分析第三节 主成分分析第3页/共63页第一节 差异表达基因分析 第4页/共63页单张cDNA芯片差异表达基因Aerobic 需氧Anaerobic不需氧第5页/共63页差异表达基因分析基因表达谱芯片实验的主要目的之一是发现两个样本间差异表达基因。通常采用基因在实验组和对照组中信号的比值作为衡量基因在两种状态下基因的表达差异。在双色荧光系统中，用Cy5/Cy3的比值来衡量基因的表达差异，也称表达差异值。第6页/共63页差异表达基因分析在Affymetrix等短的寡核苷酸芯片中，采用单色荧光标记的方式，实验组和对照组分别用两张芯片进行检测，表达差异值即为两张芯片的信号比值。噪声和芯片本身的一些因素以及生物学本身的特点给筛选差异表达基因带来了很大的麻烦。必须设定一个差异表达基因的判定标准。这个筛选的标准就称为差异表达基因的阈值。 第7页/共63页如何确定差异表达基因的阈值倍数法优点：简单、直接。缺点：没有考虑差异表达的统计显著性。比如，在某个实验中，基因表达水平的变化不大，如果选择判别域值为2倍，则有可能找不到几个差异表达的基因，假阴性率比较高。但如果是主观缩小判断域值，又有可能增大假阳性率。 第8页/共63页Z值法