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一种基于宏基因组的蛋白质多序列比对方法，根据目标蛋白的序列，使用HHblits对UniClust30数据库进行初始搜索，过滤掉搜索的MSA中残基空位符超过目标序列长度50％的序列，搜索过程的迭代3次；对获得的多序列比对文件使用hhfilter过滤生成的MSA中gap占比超过25％的序列，得到MSA1；计算MSA1的有效序列数Meff，若Meff≥10L，结束搜索，将MSA1作为多序列比对的输出结果；否则，构建MSA1的隐马尔可夫模型HMM，搜索Metaclust50宏基因组数据库，得到多重序列比
(19)中华人民共和国国家知识产权局
(12)发明专利申请
(10)申请公布号 CN 113257337 A
(43)申请公布日 2021.08.13
(21)申请号 202110433567.8
(22)申请日 2021.04.20
(71)申请人 浙江工业大学
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