用于蜜蜂和熊蜂肠道微生物分类的细菌16S rRNA数据库优化.pdfVIP

生物多样性 2019, 27 (5): 557–566 doi: 10.17520/biods.2019021 Biodiversity Science •研究报告• 用于蜜蜂和熊蜂肠道微生物分类的 细菌16S rRNA数据库优化 1 2 1 1 1 2* 1* 张 雪 李兴安 苏秦之 曹棋钠 李晨伊 牛庆生 郑 浩 1 (北京市食品营养与人类健康高精尖创新中心, 中国农业大学食品科学与营养工程学院, 北京 100083) 2 (吉林省养蜂科学研究所蜜蜂遗传育种省重点实验室, 吉林省吉林市 132108) 摘要: 蜜蜂和熊蜂是重要的传粉昆虫, 对农业生产及生态平衡的维持具有重要作用。近年来, 研究发现蜜蜂及熊 蜂肠道内含有大量微生物, 其组成简单、特异。正常的肠道微生物群落对蜜蜂的生长、激素调节、致病菌抵抗等 具有重要作用。随着高通量测序的发展, 研究者们也可快速获得传粉蜂肠道微生物组成, 这给生物多样性和物种 保护及蜂类健康等的研究带来了便捷。但是由于蜜蜂和熊蜂肠道微生物群落均由特殊菌种组成, 目前的细菌16S rRNA数据库无法对其进行准确的分类, 并且部分东方蜜蜂(Apis cerana)特有的肠道微生物菌种缺乏16S rRNA序 列信息。本文从来源于5个不同省份的东方蜜蜂肠道中分离得到在东方蜜蜂中普遍含有的Apibacter 菌属纯菌, 获取 其全长16S rRNA序列, 并对目前蜜蜂和熊蜂肠道的5个核心菌种的分类进行了综述, 对其分类和命名进行了修正。 根据蜜蜂肠道微生物的明确分类, 在目前常用的SILVA细菌分类数据库基础之上对其进行了命名及分类优化, 并 加入东方蜜蜂中普遍含有的Apibacter序列, 从而获得了优化数据库Bee Gut Microbiota-Database (BGM-Db) 。通过1 告 组东方蜜峰及1组西方蜜蜂(Apis mellifera) 的肠道菌群高通量测序结果, 分析不同数据库的表现, 我们发现相比于 报 究 SILVA和Ribosomal Database Project (RDP), BGM-Db对蜜蜂肠道16S rRNA高通量测序短序列实现了菌种级别的分 研 类, 分辨率更高。 关键词: 蜜蜂; 肠道微生物; 高通量测序; 数据库; 16S rRNA A curated 16S rRNA reference database for the classification of honeybee and bumblebee gut microbiota 1 2 1 1 1 2* 1* Xue Zhang , Xing’an Li , Qinzhi Su , Qina Cao , Chenyi Li , Qingsheng Niu , Hao Zheng 1 Beijing Advanced Innovation Center for Food Nutrition and Human Health, College of Food Science and Nutritional Engineering, China Agricultural University, Beijing 100083 2 Provincial Key Laboratory of Bee Genetics and Breeding, Apiculture Science