直刺变豆菜叶绿体全基因组及其特征.pdfVIP

生物多样性 2019, 27 (4): 366–372 doi: 10.17520/biods.2018332 Biodiversity Science •研究报告• 直刺变豆菜叶绿体全基因组及其特征 1 1 2 1* 陈志祥 姚雪莹 Stephen R. Downie 王奇志 1 (华侨大学化工学院园艺系, 福建厦门 361021) 2 (Department of Plant Biology, University of Illinois at Urbana-Champaign, Urbana 61801) 摘要: 直刺变豆菜(Sanicula orthacantha)是中国广泛分布的多年生草本植物, 也是一味著名的民族药。本文通过二 代高通量测序平台Illumina HiSeq PE150对直刺变豆菜叶绿体全基因组进行测序, 并通过生物信息学方法对其结构 特征进行分析。结果表明: 直刺变豆菜叶绿体全基因组大小为157,163 bp, 包括大单拷贝区(large single copy, LSC) 、小单拷贝区(small single copy, SSC)和2个反向重复序列(inverted repeat sequence, IRa和IRb), 长度分别为 87,547 bp、17,122 bp和26,247 bp, 具有典型被子植物叶绿体基因组环状四分体结构; 共注释得到129个基因, 包括8 个核糖体RNA (rRNA)基因、37个转运RNA (tRNA)基因和84个蛋白质编码基因。直刺变豆菜在叶绿体基因组结构、 基因种类、排列顺序上与其他伞形科植物基本一致。直刺变豆菜叶绿体全基因组测序的成功为变豆菜属植物完整 叶绿体基因组组装及其特征分析提供了新的方法。 关键词: 高通量测序; 变豆菜属; 基因组装; 系统发育分析 告 Assembling and analysis of Sanicula orthacantha chloroplast genome 报 1 1 2 1* 究 Zhixiang Chen , Xueying Yao , Stephen R. Downie , Qizhi Wang 研 1 Department of Horticulture, Huaqiao University, Xiamen, Fujian 361021, China 2 Department of Plant Biology, University of Illinois at Urbana-Champaign, Urbana 61801, USA Abstract : Sanicula orthacantha is a perennial herb widely distributed in China and is a widely used for medicinal purposes. In this study, the whole chloroplast genome was sequenced and analyzed using bioinformatics methods. The results showed that it was a circular molecule 157,163 bp in length with a typical