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＿--一．-·.... ＿ -- 一． -·.... ． ． - 芒 ,..- ｀一 lncRNA 研究策略与技术 ———————————————————————————————— 作者： ———————————————————————————————— 日期： 2 lncRNA 研究策略与技术 研究背景： 长链非编码RNA(long noncoding RNA，lncRNA)是一类不编码蛋白的 RNA 分子，长度在 200 bp 以上，起初被认为是RNA 聚合酶II 转录的副产物，不具有生物学功能；近期的研究表明lncRNA 具有保守的二级结构，可以与蛋白、DNA 和 RNA 相互作用，参与多种生物学过程的调控，尤其在肿瘤当中发挥了重要的调控角色，如染色质修饰、转录激活和抑制、转录后调解以及作为miRNA 的诱导分子干扰基因的表达等，图 1 所示。随着高通量测序技术的发展，越来越多的lncRNA 被注释，但是绝大多数的lncRNA 的功能仍然不清楚，因此lncRNA 的研究是一片非常广阔的未知领域，具有极大的研究价值和意义。 图 1. lncRNA 参与肿瘤生物学调控，红色线状图表示lncRNA。 A.染色质重组 B.转录激活和抑制 C.蛋白抑制 D.转录后修饰 E.诱导分子 锐博生物提供研究思路： 差异 lncRNA 筛选的研究方法： 3 案例解读： 案例(一)RNA seq 发现 lincRNA 2011 年，Rinn 研究小组对 24 种组织样本进行RNA 测序发现了 8000 多个人的lincRNA 图 2. A.利用RNA-seq 预测lincRNA 的流程图 B.多个参考数据库找到的lincRNA 的数量及交集及用软件组装的结果 lincRNA 的表达具有组织特异性 图 3. lincRNA 和 mRNA 在不同组织当中的表达情况 4 案例(二)lncRNA 可以成为各种肿瘤的生物标志物 2012 斯坦福大学医学院研究人员进行首个大型的癌症lncRNA 表达谱分析。对 64 个肿瘤样品高通量测序，在各种肿瘤类型之间找出差异表达的1065 个已知的以及 1072 新的lncRNA。 图 4.肿瘤和对照样品lncRNA 表达谱分析 案例(三)lncRNA 表达谱芯片结合 lncRNA-mRNA 共表达网络筛选关键lncRNA 第二军医大学的研究人员利用 2/3 肝部分切除(PH)小鼠在不同的时间点，针对肝脏再生过程进行了全基因组lncRNA 芯片表达谱分析。通过lncRNA 和 mRNA 共表达网络分析找到了一个非常有意义的长链非编码RNA(lncRNA-LALR1)，并结合体内外实验证实在肝再生过程中lncRNA-LALR1 通过激活Wnt/β-Catenin 信号加速细胞周期进程，促进了肝细胞增殖。因此采用药物干预靶向lncRNA-LALR1 诱导肝脏再生，有可能有益于肝衰竭和肝移植治疗。 1. 表达谱芯片检测肝脏生长相关的lncRNA 5 mRNA1父10凡10心0,OO mRNA 1父1 0凡1 0心 0,OO 于 L书l -o积 1 .tl lncRri.JA 图 5. 表达谱芯片聚类分析小鼠肝脏 2/3 切除后 0，1.5，12 和 24 小时 1231 个 lncRNA 和 3141 个 mRNA 表达谱 2. KEGG pathway 分析与肝脏生长相关的信号通路 [9 3 lO- 2 5 50- I3u-g - - O f lO k『 云-”uo- -l3 再一- 8 0 l 石g2 rt- _ mru- 5『 B 3- 3U- 8- lBL. r品一 -g 品．1 谥一 百丘之由一 歹V－云云W - V LV IO 乒q l- 长9 - 6＿ 6 I B 1念i l 忒5 云1E .l 5 B- 石忐『-二m- [ V－云H－9 fl [V 5 d Y 石云-g0 l W －乒6 －rY- 图 6. Pathway 分析展示最相关的信号通路 3. 共表达网络分析找到关键的lncRNA-LALR1 图 7. 部分共表达网络分析，包含 22 个基因，18 个lncRNA(k-core=12), 4 个mRNA(k-core=11 and degrees≥28)，位于中心位置的是lncRNA-LALR1 案例(四)lncRNA 功能研究 研究者对位于HOXA 基因簇的 5‘端启动子区域的非编码RNA HOTTIP 进行了功能研究，研究证明 HOTTIP 可以增强HOXA 的转录；对 HOTTIP 体内外的干扰研究发现HOTTIP 在发育过程中起到重要作用，例如影响鸡远端骨的形成。 RT-PCR 和 FISH 结果验证lncRNA HOTTIP 的表达具有组织中特异性 7 图