理学晶体学课程.pptxVIP

理学晶体学课程;一、几何晶体学;1.点阵结构及晶胞;晶体的点阵结构;晶胞和晶格;晶面指标;晶面指标;晶面指标;2.最基本的对称元素;旋转操作n―――旋转轴Ln;旋转轴—— 1.2.3.4.6重轴;镜面m和倒反操作i;i;基本对称元素名称，矩阵表达式及其等效点表;3.七个晶系;七个晶系及其特征对称元素;4.32个点群;第18页/共91页;二重轴和镜面对称元素的结合 1.两个相交的二重轴必在它的垂直方向产生第三个旋转轴。新轴的基转角ω是两个相交二重轴夹角θ的两倍，即ω＝2θ。由于晶体学中;5.14个布拉菲格子;素晶胞（简单晶胞）和复晶胞;简单三斜aP 简单单斜mP 底心单斜 mC(mA,mB) 简单正交oP C心正交 oC(oA.oB) 体心正交oI 面心正交oF;8. R心六方hR;6.230个空间群;螺旋旋转操作―――螺旋轴nm;螺旋旋转操作―――螺旋轴nm;反映滑移操作―――滑移面g;空间群的记号及其意义 P1 C2 P212121 P6122 P23;第29页/共91页;第30页/共91页;第31页/共91页;如何从空间群（Space group）记号知道晶系： 如果在第一位出现高次轴（3、3、4、4、6、6）就相应于三方、四方、六方晶系 如果只有一个方向有对称元素且不是高次轴则 (Ⅰ)有2或21轴或镜面滑移面的是单斜晶系 (Ⅱ)仅有i或无对称元素的是三斜晶系 如果三个方向都有对称元素且仅仅是2，21镜面或滑移面的则是正交晶系 如果在第二位方向上有3或3的则是立方晶系;不对称单位;第34页/共91页;二、X射线晶体学;Bragg定律;2dhklsin =n 对某一晶体来说dhkl是确定不变的，当 一定时只有特定的 值才能满足以 上方程，也就 是说只有晶体 处于某一方位 时才能产生衍 射。;第38页/共91页;1.倒易点阵;2.11个劳埃群;3.120个衍射群;system absence of lattic type;三、晶体结构测定;1.相角问题;根据上述公式只要知道每一衍射点的|Fhkl|和α (hkl)就可算出晶胞中每一点的电子密度，从中就可得到原子坐标。在衍射实验中每一衍射点的实验强度信息可以记录，由此可以推出|Fhkl|，但每一衍射点的相角信息α(hkl)却丢失了。因 此解晶体结构的关键是相角问题，有了相角，原子坐标就迎刃而解了。;2.Patterson法 (1)Patterson函数;(2)Patterson峰的特性;3)Patterson法解结构一般步骤;3.直接法简介;四、蛋白质晶体学;4.1 蛋白质分子??小分子差别;4.2蛋白质晶体结构测定基本步骤;结晶 结晶过程相图;4.3.2影响结晶的因素;4.3.3结晶方法;数据收集与处理 历史发展;4晶.体4.到2数探测据器收的集距时离考：虑晶的胞越参大数该距离应加大，以免衍射点重叠。;徊摆角度：在不增加衍射点重叠条件下，徊摆角尽量大，这与晶胞大小有关。100A左右大约每幅画面1－2° 曝光时间：取决于晶体衍射能力和晶体在X－射线下的寿命（或稳定性）。如果衍射能力弱，寿命又短，则要在这二者之间取得平衡，减少曝光时间可收集更多画面得到一套完整的数据，但衍射点强度相对弱，数据误差可能大一些。加长曝光时间可能要两颗晶体才能收集一套完整数据，则数据合并时也会加大数据的误差。;4.4.3数据收集中的一些技巧;4.4.4数据处理（Denzo程序）;使用Denzo一般分三步. 第一步自动指标化，得到晶体的格子类型，晶胞参数，晶体取向参数，X射线位置座标等信息。如果显示的预测点和实际衍射点基本一致，则自动指标化过程正常。并输出14种格子和晶胞参数变形表，晶体取向参数等信息。选取最高对称性而又有最小变形的格子，作为你的晶体可能的格子类型。 第二步用Fit命令修正有关的参数。一般先修正晶体取向参数，晶胞参数和射线位置参数，并从中等分辨率逐渐向高分辨率扩展。注意有些参数是高度相关的，不要同时修正，除非你有高质量高分辨率的数据。当某些参数不再需要修正时 ，也可固定这些参数，修正其它参数。;第三步调节镶嵌度和点的形状和大小，以求得衍射点的积分强度。如果实际衍射点多于预测点则增加镶嵌度值，反之则减小。预测点的形状和大小是否与实际点吻合，可通过Image Window窗口考察;Scalepack 的说明 由于数据收集过程中晶体衍射能力有衰减，不同方位 时晶体对射线的吸收情况也不同，以及射线强度的涨落 等因素，所以对称性联系起来的等效衍射点，它们之间 的强度并不相等。因此，要选择一幅画面作为参考，计 算每一幅画面的比例因子k和B因子，用k因子B因子校正 後，把Denzo输出的所有“.x”文件中的等效点进行平均和合并；并用全部数据对晶胞参数，晶体取向，镶嵌度 进行更精确的修正。最後给出一套完