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GBFF格式中部-特性表关键词 repeat_unit 单个的重复元件 LTR 长末端重复序列 Satellite 卫星重复序列 misc_binding 无法描述的核酸序列结合位点 primer_bind 复制、转录的引物结合位点 protein_bind 蛋白质结合区 STS 测序标签位点 misc_recomb 无法用重组特性关键词描述的重组事件 iDNA 通过重组所消除的DNA misc_structure 无法用结构关键词描述的核酸序列高级结构或构型 stem_loop 发夹结构 D-loop 线粒体中DNA中的取代环 当前第63页\共有122页\编于星期一\1点 GBFF格式中部-Location 2、特性位置(Location):用来描述在序列中的什么区域能够找到相关的特性,位置特性可以包含Complement、Join、Order等三个操作符(Operator)。 467 指明序列中的单个碱基 340..565 指明包括起始和中止碱基在内的一段连续序列 345..500 指明序列起始于起始碱基号之前的某个位置,但起始碱基号之前的特性边界未知 当前第64页\共有122页\编于星期一\1点 GBFF格式中部-Location 1..888 指明特性起始于第一个已测序的碱基之前 (102.110) 指明正确位置未知,但包含在102和110号碱基之间 (23.45)..600 指明序列特性起始碱基在23和45碱基之间,终止于600号碱基 (122.133)..(204.221) 指明序列特性起始于122和133碱基之间,终止于204和221号碱基之间 123^124 指明123和124号碱基之间的位点,如限制性酶切位点 145^177 指明145和177碱基之间的某个位点 当前第65页\共有122页\编于星期一\1点 GBFF格式中部-Location join(12..78,134..202) 12至78碱基及134至202碱基之间序列相应连以构成一段连续序列 complement(join(2691..4571,4918..5163)) 纪录中的特性处于2691至4571碱基以及4918至5163碱基之间的序列相连构成的连续序列的互补链上 join(complement(4918..5163),complement(2691..4571)) 将4918至5163碱基之间序列的互补链与2691至4571间序列的互补链结合以构成一段连续序列 当前第66页\共有122页\编于星期一\1点 GBFF格式中部-Location complement(34..(122.126)) 指明序列特性起始于与122至126碱基之间某个互补的碱基,终止于与34号碱基互补的碱基 J00194:100..202 指明起始于100号碱基,终止于202号碱基的序列在数据库中的主检索号为J00194 当前第67页\共有122页\编于星期一\1点 GBFF格式中部- Qualifiers 3、限定词(Qualifier): 为进一步说明特性表关键词和特性位置提供的信息给出了一个通用机制。 格式:在“/”后跟上限定词名称,加上“=”,其后是限定词的值 Key Location/Qualifiers CDS 86..742 次黄嘌呤磷酸核糖转移酶 /product=hypoxanthine phosphoribosyltransferase /label=hprt /note=hprt catalyzes vital steps in the reutilization pathway for purine biosynthesis and its deficiency leads to forms of gouty arthritis rep_origin 234..243 缺乏 /direction=left CDS 109..564 /usedin=X10009:cat

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