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基于dna条形码技术的牡丹组植物物种识别与进化分析 dns-mans首席法官是利用dna序列信息来识别物种或物种的异常类型的生物学技术。weich和phone早期假设用磷酸序列信息来识别物种，但由于当时需要进行dna序列测量，这一假设很难实现。20世纪80年代以来，随着pcr技术的发展，“dna标签”技术得到了广泛应用于各种分子标记技术的应用，并成为dna计数技术的前身。然而，由于分子标记技术（如afil、issrrand等）通常是“匿名标记”，因此d段差异的同源性受到质疑。随着dna序列测量技术的发展，对分子系统发育的研究提供了大量仔细鉴定的序列信息和dna序列信息，因此历史学家、遗传科学家和进化心理学家假设用dna序列来确定物种。2003年，美国冷泉港举行了两次dna和病理学研究课程。2004年，成立了“生命法案联盟”。这一系列活动推动了dna和儒学在英国和台湾的快速发展。heber和其他人[2]。首先，以克林威治州（co）在5下排列的细胞色素上（co）进行了分析和鉴定。之后，欧美国家投入大量资金进行本地物种dna序列研究。动物之后，植物也进行了dna标签技术的开发。例如，kps等人建议将中国政府和台湾的sh和co-l-植被代码（co）进行系统和开发。 DNA条形码技术的原初设想是用一个经济高效的“通用”标记鉴别尽可能多的物种, 如用COI鉴别动物.然而, 植物的情况比动物要复杂得多. (ⅰ) 由于同一基因在不同类群的进化速率不同, 至今还没有找到类似COⅠ的普遍适用的“通用标记”; (ⅱ) 叶绿体基因虽然序列测定简便, 但在有些情况下 (如木材中) 得不到叶绿体DNA, 限制了其应用范围; (ⅲ) 物种的形成是非常复杂的进化过程, 杂交和网状进化事件可能使不同物种带有相同的叶绿体或线粒体基因组, 同一物种也可能带有不同的叶绿体或线粒体基因组, 导致单基因组标记有时不能准确鉴别这样的物种; (ⅳ) 如果基因组之间存在遗传物质交流 (如基因侧向转移) , 单一基因标记可能得出错误结果因此, DNA条形码技术的广泛应用除了技术上的困难之外, 还必须澄清与类群有关的物种问题. 牡丹是芍药科 (Paeoniaceae) 芍药属 (Paeonia) 牡丹组 (Paeonia sect.Moutan DC.) 植物的统称, 是家喻户晓的观赏花卉和药用植物, 原产于我国.虽然牡丹组植物的观赏价值和药用价值的利用已经有近两千年的历史, 但对牡丹组植物的物种问题仍缺乏深入的研究.栽培的牡丹 (P.suffruticosa Andrews) 是最早被分类描述的物种, 以后陆续有少量新类群被发现.20世纪90年代以来, 牡丹组植物野生种质资源的搜索取得重要进展, 发现了不少的变异类型, 有些变异类型被描述为新物种或种下新分类群[9~15], 一些原来没有被认识清楚的类群也得到了确认或者澄清[16~21].随着被描述类群数量的增加, 牡丹组物种之间关系的复杂性就显现出来了, 一些分类学家和园艺学家在Stern和潘开玉研究的基础上开始对牡丹组植物进行分类修订[22~35].由于对物种概念的理解和对牡丹组植物形态变异的了解程度不同, 不同的分类处理之间有较大的出入.要解决这些由于对形态变异的认识不同而产生的分类学问题, 必须借助于独立于形态特征之外的分子标记.目前牡丹组植物的分子系统学研究主要关注种间进化关系[36~38], 这些进化关系的正确性受到样品的代表性和样品鉴定正确性的制约, 在此基础上揭示的类群间的进化关系又会反过来影响人们对类群的正确认识. 牡丹组植物是我国特有的生物资源, 园艺工作者利用这些资源培育的大量牡丹品种, 为国内和国际园林花卉事业做出了巨大贡献.为了深入了解我国牡丹组植物遗传资源的现状, 有效鉴定牡丹组植物遗传资源, 开展了对牡丹组植物遗传资源的DNA条形码技术研究.本文是这项工作的初步总结目的是: (ⅰ) 利用DNA序列信息建立牡丹组植物不同类群或不同变异类型之间的系统发育关系;根据系统发育关系反思牡丹组物种的限定, 进而探讨DNA条形码技术中的“物种”问题; (ⅱ) 以牡丹组植物为例, 通过分析不同基因片段的分辨力和根据不同基因组数据所得到的不同结果, 探讨DNA条形码技术中的单标记与多标记、统一标记与专用标记等一般性问题. 1 材料和方法 1.1 川牡丹花居群系统 牡丹组植物分布于我国的西藏、云南、四川、甘肃、陕西、湖北、安徽、河南、山西等省区.对这些省区进行了详细的调查, 采集了32个居群的标本和实验材料共37份 (表1) , 包含了目前被多数分类学家所接受的所有物种.除个别物种仅存在单株外, 每个物种均有多个居群材料.四川牡丹 (P.decomposita Hand.-Mazz.) 的理县居群、茂县居群和马尔康居