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乙型肝炎病毒表型耐药分析方法建立的研究的中期报告
该研究旨在建立一种基于基因测序数据的乙型肝炎病毒表型耐药分析方法。本中期报告总结了已完成的工作和取得的进展。
首先,我们从临床样品中筛选出了40个乙型肝炎病毒阳性患者的病毒RNA样品,使用Illumina HiSeq平台进行了全基因测序,并对测序数据进行了质量控制和过滤处理。
然后,我们利用BioEdit软件对测序数据进行了序列比对和SNP差异分析。分析结果表明,在40个样品中,共检测到80个不同的突变位点,其中包括44个非同义突变和36个同义突变。此外,我们还发现了5个常见耐药突变(如L180M、M204V等)和2个未报道的新型突变。
接下来,我们基于这些测序数据,使用SWISS-MODEL平台对乙型肝炎病毒的核心蛋白进行了结构预测,发现耐药突变位点主要位于核心蛋白的活性位点和受体结合位点。
最后,我们正在建立一种基于机器学习算法的乙型肝炎病毒表型耐药预测模型。该模型将基于已知的耐药突变位点和相关的临床资料,通过训练模型来预测该病毒菌株的抵抗性。
总之,该研究已经建立了乙型肝炎病毒表型耐药分析的初步方法,并取得了重要的实验结果。进一步工作将包括完善庞大的测序数据分析、优化机器学习模型以及加强与临床数据的相关性。
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