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将原始数据转置,即修改数据格式(修改成如下格式:)
DNA
(写品种名称)
~
~
引物名称 引物名称 引物名称 ~~~~~
举例:设有 7 个品种,5 个引物,则书写格式如下(注:因为水稻是二倍体,所以每个引物写两遍---两遍的数据一样,如下)
DNA
RM259
RM259
RM1
RM1
RM580
RM580
RM297
RM297
RM406
RM406
东农 7180
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
松粳 9 号
1
1
1
1
2
2
2
2
2
2
龙稻 4 号
2
2
2
2
1
1
3
3
1
1
吉粳 88 号
2
2
1
1
3
3
1
1
1
1
松 172
1
1
1
1
3
3
1
1
1
1
普引 06-5
3
3
1
1
4
4
4
4
2
2
垦鉴稻 8 号
1
1
1
1
5
5
1
1
1
1
把 Excel 文件转换成 .txt 文件(方法:复制→粘贴到txt 里)
打开Powermarker 软件→运行Dataset(用鼠标点Dataset)→设置一些参数(如下:)并且点Browse(选择格式修改完的我们要分析的txt 文件),按 Next 选项进入下一个
选择如下参数: ⊙From text file
√Tab √Comma
√Space
DNA√在对话框左边的下拉条框内 先点DNA 然后再点 下拉条框下的Categorical , 在右边的 Level-1 column()下选择DNA,按Next
DNA
√
在 Data Type 中选择 第 3 个选项,如下, 然后按 Next 选项进入下一个对话框,再点
Finish
⊙This dataset is genotype data and gametic phase is unknown
在最上面中选择 Analysis→sumary→sumary statistics→在出来的对话框中选择我们要分析的文件(在对话框的左边的中间,用鼠标点文件名)→按左下的 Submit。(操作结束)
如想保存文件 ,则双击左上的Marker。AlleleNo( 等 位 基 因 数 ) GeneDiversity(基因多样性---与 PIC 类似) PIC(多态性信息含量指数)
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