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分子动力学模拟在蛋白质热稳定性研究中的应用的中期报告 尊敬的评审专家，我是某某大学XX专业的研究生，目前在开展分子动力学模拟在蛋白质热稳定性研究方面的课题。 本研究旨在通过分子动力学模拟方法，探究蛋白质在高温环境下的热稳定性变化规律，并挖掘其分子机制。本篇中期报告将就我们的研究进展进行介绍。 首先是实验方法的确定。我们使用GROMACS分子动力学软件，搭建了一系列的蛋白质热稳定性模型。在模型构建中，我们选定了已有的蛋白质结构作为模板，并采用双水箱系统，在300K与373K两个温度下进行模拟。 其次是对模型结果的分析。我们通过时间演化、均方根偏差与RMSF分析等方法，对蛋白质质心距离、结构变化、残基柔性等结构性质进行了研究。同时，我们还运用拉曼光谱、动态光散射等实验手段，对理论计算结果进行了实验验证。 最后，我们发现实验结果表明，蛋白质热稳定性在高温环境下明显下降。此外，我们还发现残基柔性对蛋白质热稳定性变化有一定影响。针对这些结果，我们将进一步深入探究其变化机制，并尝试利用分子模拟的结果，提出相应的抗热降解方案。 以上为我们的中期报告，感谢评审专家的耐心审阅。在后续的研究中，我们将进一步完善实验方案，深入分析实验结果，并做出有意义的科研贡献。