水溞、豌豆蚜基因组P450基因家族的分析和CypFam数据库的构建的中期报告.docxVIP

水溞、豌豆蚜基因组P450基因家族的分析和CypFam数据库的构建的中期报告 本研究旨在对水溞和豌豆蚜基因组中的P450基因家族进行分析，并构建涵盖多个物种P450基因家族信息的CypFam数据库。目前已完成的工作有： 1. 数据采集：从NCBI数据库下载了水溞和豌豆蚜的基因组数据及注释信息，并通过HMM搜索和BLAST比对筛选出了可能的P450基因，共计水溞47个、豌豆蚜41个； 2. 基因注释：利用Blast2GO软件进行基因注释，将P450基因进行GO功能注释、KEGG通路注释等； 3. 基因家族聚类：利用Cd-hit工具对筛选出来的P450基因进行同源性分析和聚类，得到家族划分信息； 4. 数据库构建：设计数据库结构，确定P450基因家族信息的存储方式和展示方式，采用MySQL工具进行数据库构建，目前已经完成了基础数据库的搭建和数据导入的工作。 目前正在进行的工作有： 1. 系统分析：利用系统发育学的方法对P450基因家族进行系统发生学分析，进一步确定家族划分信息； 2. 功能分析：通过线粒体信号肽、保守序列以及同源建模等方法进行P450基因的功能分析； 3. 网络应用：将数据库信息应用于网络平台上进行展示和查询，增加数据库的实用价值。 总之，本研究为深入了解水溞和豌豆蚜基因组中P450基因家族的特点提供了基础，同时构建的CypFam数据库也为研究多个物种的P450基因家族提供了一个有用的资源。