一种识别显著差异表达基因集合的新方法以及cDNA芯片数据分析平台的构建的中期报告.docxVIP

一种识别显著差异表达基因集合的新方法以及cDNA芯片数据分析平台的构建的中期报告 本研究的目标是开发一种新的方法来识别差异表达基因（DEGs）并建立一个用于管理和分析cDNA芯片数据的平台。该方法的目的是提高发现生物学相关性的DEGs的准确度。 在研究中，首先运用差异表达分析软件SAM对实验组和对照组的cDNA芯片数据进行提取出的探针的筛选和质量控制，然后进行归一化操作以移除掉芯片本身的噪音等非生物学因素的影响。 接下来，使用一种称为“Paso”算法的新型方法筛选候选DEGs。Paso方法的主要特点是将p值和表达比（fold change）进行联合分析，从而产生更高的准确性和可靠性。在此基础上，GO和KEGG通路分析等功能注释进行生物学分析。 基于这些分析，我们建立了一个基于Web的cDNA芯片分析平台，能够方便地管理和分析cDNA芯片数据。平台提供了注释信息，GO富集分析，KEGG通路分析等功能。此外，我们还提供了快速而有效的筛选工具来确定DEGs，同时考虑差异表达水平和生物学意义。平台已成功应用于实际数据分析中，并且在分析速度，准确性和易用性方面均表现出较高的性能。 总的来说，本研究开发了一种新的DEG筛选方法Paso，并提出了一个用于管理和分析cDNA芯片数据的平台。这项研究为cDNA芯片数据的分析提供了一个有益的工具，可用于高通量基因表达研究中的生物学功能研究，以及生物医学等相关研究中的数据分析。