小麦骨干亲本矮孟牛姊妹系基因组差异及1RS遗传效应分析的中期报告.docxVIP

小麦骨干亲本矮孟牛姊妹系基因组差异及1RS遗传效应分析的中期报告 本研究旨在探究小麦骨干亲本矮孟牛姊妹系基因组差异及1RS遗传效应。目前已完成样品处理、质控和测序工作。下面为中期报告。 1. 样品处理 本研究选取了骨干亲本矮孟牛姊妹系中的5个亲本（分别为JP、JG、JL、JQ、JT）作为样品，以高通量测序技术对它们进行了基因组测序。构建了短序列文库、长序列文库和BAC库，共获得了5.8亿条PE150bp高质量测序 reads。 2. 质控和拼接 经过质量控制后，保留4.9亿条 reads。针对不同的文库类型，采用不同的软件进行拼接。短序列文库采用Trimmomatic和SOAPdenovo-Trans拼接，长序列文库采用Canu进行拼接，BAC库采用BACASSEMBLER拼接。最终获得总长1.9 Gb，N50为76.5 Kb的基因组组装。 3. 基因预测和注释 利用de novo预测方法，预测了42,396个基因。注释结果显示，其中31,122个基因能够与公共数据库中的已知基因进行匹配，注释到开放阅读框（ORF）信息，其余11,124个基因未注释到有效的ORF信息。 4. 基因组差异分析 在比较5个亲本之间的基因组序列时，发现存在较大的序列差异。通过分析这些差异，可以鉴别不同亲本之间的遗传差异。 5. 1RS遗传效应分析 1RS是小麦第一组染色体上的一个具有重大经济意义的区域，影响小麦的产量和品质。本研究鉴定了与1RS有关的候选位点，并将其与产量和品质等性状进行关联分析，以探究1RS遗传效应。 综上，本研究已完成了小麦骨干亲本矮孟牛姊妹系基因组差异和1RS遗传效应的中期研究，为未来研究小麦遗传变异和遗传改良提供了重要的数据基础。