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地黄大容量转录组文库的构建及EST-SSR标记的开发与鉴定的中期报告 本研究旨在构建地黄（Rehmannia glutinosa）的大容量转录组文库，并通过EST-SSR标记的开发与鉴定来研究其遗传多样性。截至目前，我们已经完成了以下工作。 1. RNA提取和文库构建 从地黄干燥根茎中提取RNA，并使用TruSeq RNA Sample Preparation Kit进行文库构建。我们使用Illumina HiSeq 2500平台对文库进行测序，得到了超过1.5亿条reads。 2. 转录组注释和基因表达分析 我们使用Trinity软件将reads进行拼接，得到了超过21万个unigenes。对这些unigenes进行BLASTx比对发现，其中大约有60%能够找到与已知基因的同源序列。此外，利用RSEM和EdgeR软件，我们还进行了基因表达分析，发现在地黄的根、茎和叶中，有大约7000个基因呈现差异表达。 3. EST-SSR标记的开发与鉴定 我们使用MISA软件对这21万个unigenes进行了SSR标记的搜索，共发现了超过4万个SSR位点。针对这些位点，我们进行了PCR扩增和序列分析，最终鉴定出了近5000个有效的EST-SSR标记，并进行了遗传多样性分析。目前，我们已经完成了50个地黄个体的标记鉴定。 本研究的进展表明，地黄的转录组注释和基因表达分析能够提供有关其生长发育和主