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降维方法对基因表达数据分类效果的优化研究的中期报告 一、研究背景 随着高通量技术在基因测序领域的广泛应用，基因表达数据的规模不断增大，并且数据维度也随之增加。面对这样复杂的数据，如何挖掘其中的信息成为了当前生物信息学研究的一个重要课题。特别是在肿瘤分类、药物研发、临床诊断等方面，基因表达数据的分类问题越来越被关注。 降维是处理高维数据的一种常用方法，它可以将高维数据投影到低维空间，从而减少冗余信息，压缩数据，并提高模型的性能。 二、研究目的 本研究旨在探索降维方法对基因表达数据分类效果的影响，优化基因表达数据的分类性能。 三、研究内容和进展 1. 数据收集与预处理 我们收集了一组肺癌和正常组织的基因表达数据，共计100个样本，每个样本包含20,000个基因的表达值。数据采用Illumina HumanHT-12 V4芯片进行测序，由GENCODE数据库提供。 在数据预处理过程中，我们实施了以下步骤：去除低表达值的基因，去除高度相关的基因，使用标准化技术对数据进行标准化。处理后的数据包含10,000个基因。 2. 降维方法的选择 我们选择了主成分分析、局部线性嵌入和t-SNE三种降维算法进行比较。 主成分分析（PCA）是一种线性降维方法，它通过找到数据变异最大的方向来进行降维。 局部线性嵌入（LLE）是一种非线性降维方法，它通过保持原始数据点之间的局部邻域关系来进行降维。 t-SNE