第1章蛋白质结构基础1.pptVIP

c、在大多数情况下，肽键为反式构型（例外：Pro有顺反两种构型）。在反式构型中，两个C?原子及其取代基团互相远离，在顺式构型中，它们互相接近，引起C?上的R基团之间的空间位阻。因而反式构型比顺式构型稳定。（尽管绕肽键旋转存在很大的障碍，但肽单位可以选择两种可能构象中的一种：反式（trans）构象，或顺式（cis）构象。） 本文档共57页；当前第30页；编辑于星期三\8点8分 例外：在X-pro序列中的肽键，它可以是顺式的，也可以是反式的（因为四氢吡咯环引起的空间位阻消去了反式构型的优势），从而导致相关多肽链或蛋白质的不同构象。（） C? C? C? C? 本文档共57页；当前第31页；编辑于星期三\8点8分 由于连接在两个a-碳上的侧链基团之间的立体干扰，不利于顺式构象的形成，对伸展的反式构象的形成有利，因此蛋白质中几乎所有的肽单位都是反式构象。但也有例外，一般都出现在脯氨酸的酰胺氮参与的肽键，只是顺式构象引起的立体干扰比反式构象多些。 通过X-射线晶体分析发现蛋白质中大约有6％的脯氨酸残基处于顺式构象． 本文档共57页；当前第32页；编辑于星期三\8点8分 2、多肽链的构象 ★多肽链可以看成由Cα串联起来的无数个酰胺平面组成 本文档共57页；当前第33页；编辑于星期三\8点8分 ★当Φ(Ψ)旋转键两侧的主链呈顺式时，规定Φ(Ψ) =0°?★从Cα沿键轴方向看，顺时针旋转的Φ (Ψ)角为正值，反之为负值。 本文档共57页；当前第34页；编辑于星期三\8点8分 ? 由于空间位阻，实际的取值范围相当有限。? ?和?所规定的构象能否存在，主要取决于两个相邻肽单位中非共价键合原子之间的接近有无阻碍。 本文档共57页；当前第35页；编辑于星期三\8点8分 可允许的?角和? 角 拉氏构象图( Ramachandran plot ) ： 根据非键合原子之间的最小接触距离确定二面角（ ?，? ）的允许范围。以?为横坐标，以?为纵坐标，在坐标图上标出，该坐标图称拉氏构象图。 Cα上的R基的大小与带电性影响?和? 本文档共57页；当前第36页；编辑于星期三\8点8分 A Ramachandran diagram showing the sterically reasonable values of the angles ? and ? . 一般允许区 最大允许区 ? - 157o ~ - 53o -180o ~ - 45o ? - 60o ~ - 40o - 71o ~ - 22o 或 +92o ~ +179o + 20o ~ + 180o 本文档共57页；当前第37页；编辑于星期三\8点8分 ⑴深蓝色区域：允许区，非共价键合原子间的距离大于一般允许距离，此区域内任何二面角确定的构象都是允许的，且构象稳定。 ⑵浅蓝色区域：不完全允许区，非共价键合原子间的距离介于最小允许距离和一般允许距离之间，立体化学允许，但构象不够稳定。 ⑶灰色区域区域：不允许区，该区域内任何二面角确定的肽链构象，都是不允许的，此构象中非共价键合原子间距离小于最小允许距离，斥力大，构象极不稳定。 L-Ala残基的拉氏构象图，横坐标为?的取值，纵坐标为? 的取值。 本文档共57页；当前第38页；编辑于星期三\8点8分 　　 Gly的Φ、Ψ角允许范围很大。 　　 总之，由于原子基因之间不利的空间相互作用，肽链构象的范围是很有限的，对非Gly氨基酸残基一般允许区占全平面的7.7%，最大允许区占全平面22.5％。 本文档共57页；当前第39页；编辑于星期三\8点8分 三、 α-螺旋(P10) 早在1951年，Pauling和Corey根据对一些简单化合物，例如氨基酸、二肽以及三肽的X-射线晶体图的研究数据，提出了两个周期性的多肽结构：a-螺旋（a-helix）和b-折叠（b-sheet）结构，它们是许多纤维蛋白和球蛋白的主要的二级结构。 本文档共57页；当前第40页；编辑于星期三\8点8分 氨基酸(amino acid，aa)是蛋白质多肽链的基本结构单位，或称构件分子、构造单元（building block）。 The Same 20 Amino Acids Serve as Building Blocks for All Proteins in Nature. 第一节 蛋白质结构的基本组件 本文档共57页；当前第1页；编辑于星期三\8点8分 一、20种常见氨基酸 1、基本结构 2、基本性质 3、单一构型和旋转异构体 本文档共57页；当前第2页；编辑于星期三\8点8分 ?－氨基